云居庵在吴山，居鄙。宋元祐间，为佛印禅师所建。圣水寺，元元贞间，为中峰禅师所建。中峰又号幻住，祝发时，有故宋宫人杨妙锡者，以香盒贮发，而舍利丛生，遂建塔寺中，元末毁。明洪武二十四年，并圣水于云居，赐额曰云居圣水禅寺。岁久殿圮，成化间僧文绅修复之。寺中有中峰自写小像，上有赞云：“幻人无此相，此相非幻人。若唤作中峰，镜面添埃尘。”向言六桥有千树桃柳，其红绿为春事浅深，云居有千树枫桕，其红黄为秋事浅深，今且以薪以槱，不可复问矣。曾见李长蘅题画曰：“武林城中招提之胜，当以云居为最。山门前后皆长松，参天蔽日，相传以为中峰手植，岁久，浸淫为寺僧剪伐，什不存一，见之辄有老成凋谢之感。去年五月，自小筑至清波访友寺中，落日坐长廊，沽酒小饮已，裴回城上，望凤凰南屏诸山，沿月踏影而归。翌日，遂为孟旸画此，殊可思也。”
云居庵位于吴山，地处偏僻而荒凉。该寺由佛印禅师在宋元祐年间所修建。另外还有一座圣水寺，建于元代元贞年间，由中峰禅师所带人修建。中峰禅师，号幻住，他在剃发出家时，曾有宋朝宫廷人士杨妙锡用香盒收藏了禅师的剃发，后来生出许多舍利，于是在寺中建造佛塔，佛塔在元末被毁。圣水寺在元朝末年被毁。明洪武二十四年，将圣水寺并入云居庵，皇上还钦赐匾额，命名为云居圣水禅寺。由于岁月久远且未能及时修缮，大殿已然坍毁，直到成化年间，僧人文绅才重新修复了大殿。寺中依旧保存着中峰禅师亲自绘制的小像，画上题有诗句赞曰：“幻人无此相，此相非幻人。若唤作中峰，镜面添埃尘。”从前有个说法：六桥有上千棵桃树柳树，桃红柳绿是春景深浅的写照；云居寺有上千棵枫树桕树，叶色红黄是秋色深浅的映照。现在已被砍掉变成柴火，不能再提了。曾见李流芳题画文字中写道：“杭州城中风景最好的寺院，莫过于云居庵。山门前后高大的松树遮蔽了天空，相传这些松树是中峰禅师亲手栽种的。随着岁月的流逝，寺中的僧人逐渐修剪砍伐，现存的不到十分之一，每每看到这些景象，会生出老成凋谢的感慨。去年五月，我从小筑出发，走到清波门，在云居寺拜访朋友。落日余晖下，我坐在长廊上，喝点小酒，徘徊于城中，远望凤凰山、南屏山等山色，月下踏影返回。次日，我为孟旸画下这幅画，真是值得怀念的时光。”
李流芳《云居山红叶记》：
余中秋看月于湖上者三，皆不及待红叶而归。前日舟过塘栖，见数树丹黄可爱，跃然思灵隐、莲峰之约，今日始得一践。及至湖上，霜气未遍，云居山头，千树枫桕尚未有酣意，岂余与红叶缘尚悭与？因忆往岁忍公有代红叶招余诗，余亦率尔有答，聊记于此：“二十日西湖，领略犹未了。一朝别尔归，此游殊草草。当我欲别时，千山秋已老。更得少日留，霜酣变林杪。子常为我言，灵隐枫叶好。千红与万紫，乱插向晴昊。烂然列锦锈，森然建??。一生未得见，何异说食饱。”
高启《宿幻住栖霞台》诗：
窗白鸟声晓，残钟渡溪水。此生幽梦回，独在空山里。
松岩留佛灯，叶地响僧履。予心方湛寂，闲卧白云起。
夏原吉《云居庵》诗：
谁辟云居境，峨峨瞰古城。两湖晴送碧，三竺晓分青。
经锁千函妙，钟鸣万户惊。此中真可乐，何必访蓬瀛。
徐渭《云居庵松下眺城南》诗：
夕照不曾残，城头月正团。霞光翻鸟堕，江色上松寒。
市客屠俱集，高空醉屡看。何妨高渐离，抱却筑来弹。
（城下有瞽目者善弹词。）