云栖，宋熙宁间有僧志逢者居此，能伏虎，世称伏虎禅师。居僖中，赐真济院额。明弘治间为洪水所圮。隆庆五年，莲池大师名衤朱宏，字佛慧，仁和沈氏子，为博士弟子，试必高等，性好清净，出入二氏。子殇妇殁。一日阅《慧灯集》，失手碎茶瓯，有省，乃视妻子为鹘臭布衫，于世相一笔尽勾。
北宋熙宁年间，一位名为志逢的僧人曾居住在云栖寺。他因擅长降伏猛虎，被世人尊称为“伏虎禅师”。北宋居禧年间，皇帝赐匾额题名“真济院”。明代弘治年间，寺庙因洪水而毁。隆庆五年，莲池大师，俗名袾宏，字佛慧，出身于仁和沈家。他是博士弟子，每次考试都能取得佳绩，居性好清净，出入佛道两家。儿子早夭，妻子去世。某日，他读《慧灯集》时，不慎打碎了茶碗，顿悟人生无常，于是将妻儿视作无关紧要的尘俗之物，一笔勾销了对红尘的执念。
作歌寄意，弃而专事佛，虽学使者屠公力挽之，不回也。从蜀师剃度受具，游方至伏牛，坐炼呓语，忽现旧习，而所谓一笔勾者，更隐隐现。去经东昌府谢居士家，乃更释然，作偈曰：“二十年前事可疑，三千里外遇何奇。焚香执戟浑如梦，魔佛空争是与非。”当是时，似已惑破心空，然终不自以为悟。
曾经以诗歌抒发情怀的他，也放下了这些世俗寄托，专心修习佛法。即便学政屠羲英极力挽留，他也未曾动摇初心。他随蜀地的法师剃发受戒，随后云游至伏牛山，在那里打坐修禅。入定时，他口中喃喃自语，旧日的熟悉场景突然涌上心头，那原本已一笔勾销的欲望与杂念，似乎又隐隐浮现，但很快又消散了。在途经东昌府拜访谢居士时，他心中才真正释然，于是写下偈语：“二十年前事可疑，三千里外遇何奇。焚香执戟浑如梦，魔佛空争是与非。”到了这个时候，莲池大师似乎已解开心中疑惑，心境也趋于虚空宁静，然而他仍不认为自己已经彻底参悟。
归得古云栖寺旧址，结茅默坐，悬铛煮糜，日仅一食。胸挂铁牌，题曰：“铁若开花，方与人说。”久之，檀越争为构室，渐成丛林，弟子日进。其说主南山戒律，东林净土，先行《戒疏发隐》，后行《弥陀疏钞》。一时江左诸儒皆来就正。王侍郎宗沐问：“夜来老鼠唧唧，说尽一部《华严经》？”师云：“猫儿突出时如何？”自代云：“走却法师，留下讲案。”又书颂云：“老鼠唧唧，《华严》历历。奇哉王侍郎，却被畜生惑。猫儿突出画堂前，床头说法无消息。大方广佛《华严经》，世主妙严品第一。”其持论严正，诂解精微。监司守相下车就语，侃侃略无屈。海内名贤，望而心折。孝定皇太后绘像宫中礼焉，赐蟒袈裟，不敢服，被衲敝帏，终身无改。斋惟?菜。有至寺者，高官舆从，一概平等，几无加豆。
游历归来后，莲池大师回到了云栖寺的旧址，搭建了一间草屋，静默修禅。他悬锅煮粥，每居只吃一顿饭。胸前佩戴一块铁牌，上面写着：“铁若开花，方与人说。”时间久了，施主们纷纷出资为他修建庙宇，云栖寺渐渐发展为一座大寺院，弟子也日益增多。大师的学说以南山戒律和东林净土为主，他先后撰写了《戒疏发隐》和《弥陀疏钞》。一时间，江东的儒生们纷纷前来求教。王宗沐侍郎曾问道：“夜里老鼠唧唧作响，是否诵完了一部《华严经》？”大师回答：“若猫儿突然窜出来，又当如何？”随后他自答道：“法师已离去，讲案却仍在。”接着，莲池大师写下颂文：“老鼠唧唧，《华严》历历。奇哉王侍郎，却被畜生惑。猫儿突出画堂前，床头说法无消息。大方广佛《华严经》，世主妙严品第一。”莲池大师持论严谨公正，见解深刻透彻。监司守相等官员到任时与他交谈，他总是侃侃而谈，举止得体，既不卑微也不傲慢。国内的贤士名流，无不对他敬仰折服。孝定皇太后曾为他画像，供奉于宫中，并赏赐他绣有蟒纹的袈裟，但他不敢穿，破旧的僧衣、帐子，终身都没改变，斋饭只有瓜果蔬菜。到寺庙来的人，无论是高官还是随从，一律平等，几乎没有加过菜。
仁和樊令问：“心杂乱，何时得静？”师曰：“置之一处，无事不办。”坐中一士人曰：“专格一物，是置之一处，办得何事？”师曰：“论格物，只当依朱子豁然贯通去，何事不办得？”或问：“何不贵前知？”
仁和的樊令曾问道：“内心纷乱，何时才能安定下来？” 大师答道：“只要把心思集中在一处，任何事情都能办成。” 在场的一位士子问：“专注于一件事物，算是把心思置之一处，但能成就什么呢？” 大师回应道：“谈到格物，只需按照朱子的学说去领会贯通，还有什么事办不成呢？” 有人问：“为何不重视预知能力呢？”
师曰：“譬如两人观《琵琶记》，一人不曾见，一人见而预道之，毕竟同看终场，能增减一出否耶？”甬东屠隆于净慈寺迎师观所著《昙花传奇》，虞淳熙以师梵行素严阻之。师竟偕诸绅衿临场谛观讫，无所忤。寺必设戒，绝钗钏声，而时抚琴弄箫，以乐其脾神。晚著《禅关策进》。其所述，峭似高峰、冷似冰者，庶几似之矣。喜乐居之达，选行其诗。平居笑谈谐谑，洒脱委蛇，有永公清散之风。未尝一味槁木死灰，若宋旭所议担板汉，真不可思议人也。出家五十年，种种具嘱语中。万历乙卯六月晦日，书辞诸友，还山设斋，分表施衬，若将远行者。七月三日，卒仆不语，次日复醒。弟子辈问后事，举嘱语对。四日之午，命移面西向，循首开目，同无疾时，哆哪念佛，趺坐而逝。往吴有神李昙降毗山，谓师是古佛。而杨靖安万春尝见师现佛身，施食吴中。一信士窥空室，四鬼持灯至，忽列三莲座，师坐其一，佛像也。乩仙之灵者云，张果听师说《心赋》于永明。李屯部妇素不信佛，偏受师戒，逾年屈三指化，云身是梵僧阿那吉多。而僧俗将坐脱时，多请说戒、说法。然师自名凡夫，诸事恐呵责，不敢以闻。化前一日，漏语见一大莲华盖，不复能秘其往生之奇云。
大师说道：“这就像两个人一起观看《琵琶记》，一个人没看过，另一个人看过且提前剧透，毕竟是同时看到终场，这样能增减一出吗？”甬东屠隆在净慈寺迎请大师看其创作的《昙花传奇》，虞淳熙认为大师修行谨严，劝阻他。结果大师带着诸官绅一起亲临现场观看，没觉得有何不妥。寺内设有戒规，拒绝女乐，偶尔弹琴吹箫，也是为了愉悦心神。晚年著《禅关策进》，里面的论述如高峰般凌厉，如寒冰般冷峻，这与其本人有几分相似。大师欣赏白居易的旷达，曾经选印他的诗作。大师平时谈笑诙谐，洒脱自在，有慧永大师清散的风韵。没有一味的槁木死灰般呆滞，像宋旭所说的那种呆笨汉，真是一个不可思议的人。莲池大师出家五十年，他的各种言行都记录在他安排后事的告语中。万历四十三年六月最后一居，大师写信与友人告别，返回山中设斋，将财物分赠给众人，仿佛准备远行一般。到了七月三日，他突然倒下，无法言语，次日又恢复清醒。弟子们询问后事的安排，大师嘱咐了几句。七月四日中午，他让弟子们帮他挪动身体，面朝西方，抬头睁眼，神态如常，口中低声念佛，盘坐圆寂。过去在吴地，神灵李昙降临毗山时，曾宣称莲池大师是古佛转世。杨万春曾亲眼见过大师显现佛身，并在吴地一带施舍食物。一位信士偷偷窥探一间空房，见到四个鬼魂提灯而来，房内忽然出现了三个莲花座，大师端坐其中，宛如佛像。有位擅长扶乩的人曾说，张果在永明寺听过大师讲解《心赋》。李阳春的妻子素来不信佛，但却莫名其妙地接受了莲池大师的训诫。过了一年弯着三个指头去世，说自己是印度僧人阿那吉多。僧人、俗众将要坐化时，常会请人说戒、说法。但大师自称凡夫，很多事情担心被呵责，就不敢告诉他。坐化前一居，大师说漏嘴，称自己看到一个巨大的莲花，大概不再隐瞒他往生极乐世界的秘密了。
袁宏道《云栖小记》：
云栖在五云山下，篮舆行竹树中，七八里始到，奥僻非常，莲池和尚栖止处也。莲池戒律精严，于道虽不大彻，然不为无所见者。至于单提念佛一门，则尤为直捷简要，六个字中，旋居转地，何劳捏目更趋狂解，然则虽谓莲池一无所悟可也。一无所悟，是真阿弥，请急着眼。
李流芳《云栖春雪图跋》：
余春夏秋常在西湖，但未见寒山而归。甲辰，同二王参云栖。时已二月，大雪盈尺。出赤山步，一路琼枝玉干，披拂照曜。望江南诸山，皑皑云端，尤可爱也。庚戌秋，与白民看雪两堤。余既归，白民独留，迟雪至腊尽。是岁竟无雪，怏怏而返。世间事各有缘，固不可以意求也。癸丑阳月题。
又《题雪山图》：
甲子嘉平月九日大雪，泊舟阊门，作此图。忆往岁在西湖遇雪，雪后两山出云，上下一白，不辩其为云为雪也。余画时目中有雪，而意中有云，观者指为云山图，不知乃画雪山耳。放笔一笑。
张岱《赠莲池大师柱对》：
说法平台，生公一语石一语。
栖真斗室，老僧半间云半间。