起昭阳单阏，尽阏逢执徐，凡二年。
从昭阳单阏年间开始，到阏逢执徐结束，一共两年。
安皇帝戊元兴二年（癸卯，公元四零三年）
安皇帝戊元兴二年（癸卯，公元403年）
春，正月，卢循使司马徐道覆寇东阳；二月，辛丑，建武将军刘裕击破之。道覆，循之姊夫也。
春季正月，卢循指派他的将领徐道覆侵袭东阳；二月八日，建武将军刘裕击败了徐道覆率领的军队。道覆，是卢循的姐夫。
乙卯，以太尉玄为大将军。
二月二十二日，任命太尉桓玄为大将军。
丁巳，玄杀冀州刺史孙无终。
二月二十四日，桓玄杀冀州刺史孙无终。
玄上表请帅诸军扫平关、洛，既而讽朝廷下诏不许，乃云：“奉诏故止。”玄初欲饬装，先命作轻舸，载服玩、书画。或问其故，玄曰：“兵凶战危，脱有意外，当使轻而易运。”众皆笑之。
桓玄上表请求率诸军扫平关中、洛阳，随后又暗示朝廷下诏不许，于是说：“奉诏停止。”桓玄起初还假装整理行装，先命制造轻便快艇，装载服装、珍玩、书画。有人问他缘故，桓玄说：“兵凶战危，如有意外，吃水浅的船只跑得快。”众人都笑他。
夏，四月，癸巳朔，日有食之。
夏季，四月一日，发生了日食。
南燕主备德故吏赵融自长安来，始得母兄凶问，备德号恸吐血，因而寝疾。
南燕主慕容备德因老部下赵融从长安来，才得到母亲及兄长的死讯。慕容备德号恸吐血，卧病在床。
司隶校尉慕容达谋反，遣牙门皇璆帅众攻端门，殿中帅侯赤眉开门应之；中黄门孙进扶备德逾城匿于进舍。段宏等闻宫中有变，勒兵屯四门。备德入宫，诛赤眉等。达出奔魏。
司隶校尉慕容达谋反，派牙门将皇璆率众攻打端门，殿中帅侯赤眉开门接应；中黄门孙进搀扶慕容备德翻墙逃出宫城，藏匿在孙进家里。段宏等听闻宫中有变，勒兵屯守四面城门。慕容备德入宫，诛杀侯赤眉等。慕容达逃奔北魏。
备德优迁徙之民，使之长复不役；民缘此迭相廕冒，或百室合户，或千丁共籍，以避课役。尚书韩讠卓请加隐核，备德从之，使讠卓巡行郡县，得廕户五万八千。
慕容备德优待迁徙来的人民，长期免除他们的赋税和徭役；人民于是不停地冒名顶替，有的一百家一个户口，有的一个户籍里竟有一千人，以逃避赋税、徭役。尚书韩请求核查，慕容备德听从，派韩巡行郡县，查出隐藏户口五万八千人。
泰山贼王始聚众数万，自称太平皇帝，署置公卿；南燕桂林王镇讨禽之。临刑，或问其父及兄弟安在，始曰：“太上皇蒙尘于外，征东、征西为乱兵所害。”其妻怒之曰：“君正坐此口，奈何尚尔！”始曰：“皇后不知，自古岂有不亡之国！朕则崩矣，终不改号！”
泰山盗贼王始聚众数万，自称太平皇帝，署置公卿；南燕桂林王慕容镇讨伐，将他生擒。临刑，有人问他的父亲及兄弟在哪儿，王始说：“太上皇蒙尘于外，征东将军、征西将军为乱兵所害。”他的妻子怒骂：“你就是这张嘴！还不消停！”王始说：“皇后不知，自古岂有不亡之国？朕则崩矣，终不改号！”
五月，燕王熙作龙腾苑，方十馀里，役徒二万人。筑景云山于苑内，基广五百步，峰高十七丈。
五月，燕王慕容熙建造龙腾苑，方圆有十多里，动用二万名民夫。又在苑内修筑景云山，山基宽达五百步，峰高十七丈。
秋，七月，戊子，魏主珪北巡，作离宫于豺山。
秋季，七月戊子，北魏国主拓跋珪向北巡视，在豺山修建行宫。
平原太守和跋奢豪喜名，珪恶而杀之，使其弟毘等就与诀。跋曰：“灅北土瘠，可迁水南，勉为主计。”且使之背己，曰：“汝何忍视吾之死也！”毘等谕其意，诈称使者，逃入秦。珪怒，灭其家。中垒将军邓渊从弟尚书晖与跋善，或谮诸珪曰：“毘之出亡，晖实送之。”珪疑渊知其谋，赐渊死。
平原太守和跋奢侈阔绰喜欢名声，拓跋珪厌恶他，就把他杀了，派他的弟弟和毘与他诀别。和跋说：“灅水以北地区土地贫瘠，可以迁徙到水以南，你要勉励自己。”并且让他背对着自己，说：“你怎么能忍心看着我死呢！”和毘领会了他的意思，假称是使者，逃到秦国。拓跋珪生气了，杀了他全家。中垒将军邓渊的堂弟尚书邓晖与和跋关系很好，有人向拓跋珪进谗言说：“和毘出逃，实际上是邓晖送他逃走的。”拓跋珪怀疑邓渊知道和跋的阴谋，将邓渊赐死。
南凉王傉檀及沮渠蒙逊互出兵攻吕隆，隆患之。秦之谋臣言于秦王兴曰：“隆藉先世之资，专制河外，今虽饥窘，尚能自支，若将来丰赡，终不为吾有。凉州险绝，土田饶沃，不如因其危而取之。”兴乃遣使征吕超入侍。隆念姑臧终无以自存，乃因超请迎于秦。兴遣尚书左仆射齐难、镇西将军姚诘、左王乞伏乾归、镇远将军赵曜帅步骑四万迎隆于河西，南凉王傉檀摄昌松、魏安二戍以避之。八月，齐难等至姑臧，隆素车白马迎于道旁。隆劝难击沮渠蒙逊，蒙逊使臧莫孩拒之，败其前军。难乃与蒙逊结盟，蒙逊遣弟挐入贡于秦。难以司马王尚行凉州刺史，配兵三千镇姑臧，以将军阎松为仓松太守，郭将为番禾太守，分戍二城，徙隆宗族、僚属及民万户于长安，兴以隆为散骑常侍，超为安定太守，自馀文武随才擢叙。
南凉王秃发傉檀和北凉王沮渠蒙逊，分别起兵向后凉国主吕隆发动进攻，吕隆非常担忧。后秦众谋臣向后秦王姚兴进言道：“吕隆依靠前几代人留下的基业，将黄河西面独占，如今虽然发生了饥荒，形势很窘迫，却仍然能够独立支撑，若是将来有一天获得丰收，国力变得强大，最终仍然不会属于我们。凉州有险要奇绝的地势，土地富饶肥沃，我看不如趁他们发生的危机干脆吞并他们。”姚兴于是派使者将吕超征召到后秦京师长安担任职务。吕隆经过思考，认为姑臧到最后也不能独立存在，于是，经由吕超向后秦请求，希望能够派遣军队前来迎接。姚兴下令，尚书左仆射齐难、镇西将军姚诘、左贤王乞伏乾归与镇远将军赵曜带领四万步兵和骑兵，前往河西，以迎接吕隆。南凉王秃发傉檀则调遣昌松和魏安两地的军队，以回避秦国军队的威胁。八月份，齐难等人抵达姑臧，吕隆坐在白马拉的白车上，沿途受到热烈欢迎。吕隆建议齐难率领军队向沮渠蒙逊发动攻势，沮渠蒙逊派遣藏莫孩率兵抵御，并在战斗中击败了后秦军队的前锋。于是，齐难与沮渠蒙逊达成联盟。沮渠蒙逊指挥其弟沮渠挐前往长安进贡。齐难委派司马王尚代理凉州刺史职务，派遣兵卒三千在姑臧驻守，任命将军阎松为仓松太守，将郭将任命为番禾太守，分别在这两个城市驻扎。同时，他将吕隆的亲属、属下官员以及当地居民一万户迁往长安。姚兴任命吕隆为散骑常侍，吕超为安定太守，并根据文武才干对其他官员进行相应的提拔和任命。
初，郭黁常言“代吕者王”，故其起兵，先推王详，后推王乞基；及隆东迁，王尚卒代之。黁从乞伏乾归降秦，以为灭秦者晋也，遂来奔，秦人追得，杀之。
起初，郭黁常说“代替吕氏称王的是王姓之人”，因此，他先组织起军队，首先推立的是王详，随后又推立王乞基。等到吕隆等人向东往长安迁徙时，王尚最终将吕氏替代。郭黁跟随乞伏乾归一起向后秦投降，又认为将来会是东晋将后秦消灭，因此跑出来准备投奔东晋，被后秦追兵追上抓住并杀掉。
沮渠蒙逊伯父中田护军亲信、临松太守孔笃，皆骄恣为民患，蒙逊曰：“乱吾法者，二伯父也。”皆逼之使自杀。
沮渠蒙逊的伯父中田护军沮渠亲信和临松太守沮渠孔笃，行为傲慢凶残，胡作非为，给百姓带来灾祸。沮渠蒙逊认为：“扰乱法度、破坏秩序的人就是这两位伯父。”因此，他迫使他们选择自尽。
秦遣使者梁构至张掖，蒙逊问曰：“秃发傉檀为公而身为侯，何也？”构曰：“傉檀凶狡，款诚未著，故朝廷以重爵虚名羁縻之。将军忠贯白日，当入赞帝室，岂可以不信相待也！圣朝爵必称功，如尹纬、姚晃，佐命之臣，齐难、徐洛，一时猛将，爵皆不过侯伯，将军何以先之乎！昔窦融殷勤固让，不欲居旧臣之右，不意将军忽有此问！”蒙逊曰：“朝廷何不即封张掖而更远封西海邪？”构曰：“张掖，将军已自有之，所以远授西海者，欲广大将军之国耳。”蒙逊悦，乃受命。
后秦国派梁构为使者来到张掖，沮渠蒙逊向他询问道：“秃发傉檀受封为公爵，而我只被封为侯爵，原因何在？”梁构说：“秃发傉檀凶狠狡猾，他对朝廷的忠诚并不十分明显，所以，朝廷才用表面上尊贵的爵位虚名稳住他。将军的忠诚能与白日的光辉，本应该让你前往朝中辅佐天子执掌朝政，对待你怎么能用不信任的态度呀！朝廷在授予爵位时，需要根据功劳相称，如尹纬、姚晃等都是昔日辅佐听命的大功臣，齐难、徐洛等也是当时名噪一时的勇猛大将，但他们所受的爵位也只是侯伯而已，将军怎么可以比他们高呢？从前，窦融十分谨慎小心，坚决辞让被封的高官，不希望自己的官位排在旧臣老将们的前面，没想到将军会突然提出这样的疑问。”沮渠蒙逊说：“朝廷为何不将我封为张掖侯，却反而远远地将我封为西海侯呢？”梁构说：“张掖已经是将军您所拥有的领地，将您封为西海侯只是为了扩大您的封国范围而已。”沮渠蒙逊十分高兴，对这项任命便欣然接受。
荆州刺史桓伟卒，大将军玄以桓修代之。从事中郎曹靖之说玄曰：“谦、修兄弟专据内外，权势太重。”玄乃以南郡相桓石康为荆州刺史。石康，豁之子也。
荆州刺史桓伟去世，大将军桓玄下令让桓脩接替他的职位。从事中郎曹靖之对桓玄提醒说：“桓谦和桓脩是兄弟，二人在朝中和地方都掌握很大的权力，其权力与威势过重。”于是，桓玄就将南郡相桓石康任命为荆州刺史。桓石康是桓豁的儿子。
刘裕破卢循于永嘉，追至晋安，屡破之，循浮海南走。
建武将军刘裕，在永嘉将卢循的军队打得大败，并一直追击直至晋安，屡次交战，每次都打败卢循。卢循被迫从海上向南逃离。
何无忌潜诣裕，劝裕于山阴起兵讨桓玄。裕谋于土豪孔靖，靖曰：“山阴去都道远，举事难成；且玄未篡位，不如待其已篡，于京口图之。”裕从之，靖，愉之孙也。
刘牢之的外甥何无忌秘密前往拜见刘裕，劝说他在山阴发兵进攻桓玄。刘裕与当地的豪杰孔靖商议，孔靖说：“山阴与都城建康相隔甚远，若发动事变，可能难以成功。况且桓玄并没有篡位，我认为最好等他篡夺帝位后，再在京口一带进攻。”刘裕采纳了他的建议。孔靖是孔愉之孙。
九月，魏主珪如南平城，规度灅南，将建新都。
九月，北魏国主拓跋珪来到南平城，在灅水南面对准备兴建新都城的地方进行勘察和规划。
侍中殷仲文、散骑常侍卞范之劝大将军玄早受禅，阴撰九锡文及册命。以桓谦为侍中、开府、录尚书事，王谧为中书监、领司徒，桓胤为中书令，加桓修抚军大将军。胤，冲之孙也。丙子，册命玄为相国，总百揆，封十郡，为楚王，加九锡，楚国置丞相以下官。
侍中殷仲文和散骑常侍卞范之对大将军桓玄进行规劝，建议他尽早接受禅让，登基为皇帝，私下里将加授九锡以及安帝让位的文告都撰写好了。朝廷将桓谦任命为侍中、开府、录尚书事，将王谧任命为中书监、兼任司徒，将桓胤任命为中书令。为桓脩加授抚军大将军称号。桓胤是桓冲之孙。丙子日，朝廷将桓玄册封为相国，统领文武百官，把十个郡封给他，赐爵楚王，加授九锡。他所统辖的楚国，也设立自丞相以下各个级别的官吏。
桓谦私问彭城内史刘裕曰：“楚王勋德隆重，朝廷之情，咸谓宜有揖让，卿以为何如？”裕曰：“楚王，宣武之子，勋德盖世。晋室微弱，民望久移，乘运禅代，有何不可？”谦喜曰：“卿谓之可即可耳。”
桓谦私下询问彭城内史刘裕说：“楚王功绩卓越，声望极高。朝廷内外大多认为应该进行禅让仪式，拥戴楚王为皇帝。你认为如何？”刘裕说：“楚王是南郡宣武公之子，功勋仁德都在当世所有人之上。如今晋朝的帝室已然衰弱，百姓的愿望早就发生了变化，借此机运接受禅让，代替司马氏成为皇帝，有何不可呢？”桓谦十分高兴，说：“既然你认为可行，那必然可以了。”
新野人庾仄，殷仲堪之党也，闻桓伟死，石康未至，乃起兵袭雍州刺史冯该于襄阳，走之。仄有众七千，设坛，祭七庙，云欲讨桓玄，江陵震动。石康至州，发兵攻襄阳，仄败，奔秦。
新野人庾仄从前是殷仲堪的党羽。得知桓伟已死后，他迅速行动，趁着桓石康尚未就任的时机，组织军队前往襄阳，发动进攻雍州刺史冯该并成功将其赶离。庾仄拥有七千部众，设立祭坛，对司马宗族的七代祖庙进行祭祀，宣言说“准备征讨桓玄”，这一消息震动了江陵地区。桓石康抵达荆州上任后，立即调集军队攻打襄阳，庾仄很快被打败，前往后秦投奔。
高雅之表南燕主备德请伐桓玄曰：“纵未能廓清吴、会，亦可收江北之地。”中书侍郎韩范亦上疏曰：“今晋室衰乱，江、淮南北，户口无几，戎马单弱。重以桓玄悖逆，上下离心；以陛下神武，发步骑一万临之，彼必土崩瓦解，兵不留行矣。得而有之，秦、魏不足敌也。拓地定功，正在今日。失时不取，彼之豪杰诛灭桓玄，更修德政，岂惟建康不可得，江北亦无望矣。”备德曰：“朕以旧邦覆没，欲先定中原，乃平荡荆、扬，故未南征耳。其驻公卿议之。”因讲武城西，步卒三十七万人，骑五万三千匹，车万七千乘。公卿皆以为玄新得志，未可图，乃止。
高雅之呈上奏表给南燕国主慕容备德，请求前往讨伐桓玄，说：“即便不能彻底平定吴郡会稽一带，至少可以收复长江北边的广大土地。”中书侍郎韩范也呈上奏疏说：“目前晋朝皇室衰落混乱，长江、淮河两岸多数地区已经居民稀少、人口减少，军事力量薄弱。加之此时桓玄谋逆叛乱，导致上下离心。陛下以神威勇武，动员一万步、骑兵南下征讨，必定能够战胜敌人，使其溃不成军。届时，我们将能够夺取并占领长江流域的广阔土地，从而使秦和魏无法再对抗我们。现在正是拓展疆土、建立功业的良机。如果我们不抓住这个机会，不积极争取，那么一旦他们中的勇士消除桓玄之乱，整顿政务，我们将无法再夺取建康，即便是长江北面的土地也将无法如愿以偿。”慕容备德答道：“由于失去了故国的领土，朕一直计划先平定中原，再征服荆州、扬州等地，因此尚未对南方发动征讨。让公卿大臣们讨论此事吧。”于是，在城西举行了盛大的阅兵，步兵达到三十七万人，战马达到五万三千匹，战车有一万七千辆。然而，公卿大臣们一致认为桓玄的志愿刚刚得以实现，不能草率图谋和讨伐，因此，此事被搁置。
冬，十月，楚王玄上表请归籓，使帝作手诏固留之。又诈言钱塘临平湖开，江州甘露降，使百僚集贺，用为己受命之符。又以前世皆有隐士，耻于己时独无，求得西朝隐士安定皇甫谧六世孙希之，给其资用，使隐居山林；征为著作郎，使希之固辞不就，然后下诏旌礼，号曰高士。时人谓之“充隐。”又欲废钱用谷、帛及复肉刑，制作纷纭，志无一定，变更回复，卒无所施行。性复贪鄙，人士有法书、好画及佳园宅，必假蒲博而取之；尤爱珠玉，未尝离手。
冬季十月，楚王桓玄递交奏表，请求批准返回自己的封地，并要求安帝亲自写下诏书，坚决挽留他。此外，他教唆手下的人散布谣言，声称钱塘临平湖的湖水突然涨满，江州也降下了甘露。为此，他召集文武百官共庆，将这些事件解读为他接受皇帝禅让的吉兆。桓玄还因为之前有隐士不愿意在改朝换代之时出仕，因此认为自己接受帝位并没有耻辱之事。通过调查，他找到了西晋时期隐士、安定人皇甫谧的第六代孙子皇甫希之，提供生活费用，并邀请他到深山老林中隐居。然后，以朝廷的名义征召并任命他为著作郎。然而，皇甫希之坚决拒绝了前去就职的邀请。桓玄随后颁布诏书，表彰和称赞皇甫希之为高士。但当时的人们却将皇甫希之称作假冒隐士的“充隐”。桓玄又准备废除钱币，而将粮食谷物和绸缎布匹等物作为交换和流通的工具，还要将肉刑等恢复使用。就这样，各种乱七八糟的法令规章制定了很多，然而桓玄的想法却始终并不固定，所以只是反复地变更，最后也都并未得到推行。桓玄还有贪婪卑鄙的性情，如果别人有好的书法、绘画作品，或是有好的花园宅第等，他也必然会通过蒲博等赌博手段把这些占据，他特别喜爱珍珠美玉，从不离手。
乙卯，魏主珪立其子嗣为齐王，加位相国；绍为清河王，加征南大将军；熙为阳平王；曜为河南王。
乙卯日，北魏国主拓跋珪将其子拓跋嗣封为齐王，并将其升任为相国，将其子拓跋绍封为清河王，加授征南大将军，将其子拓跋熙封为阳平王，将另一子拓跋曜封为河南王。
丁巳，魏将军伊谓帅骑二万袭高车馀种袁纥、乌频；十一月，庚午，大破之。
丁巳日，北魏将军伊谓率领两万骑兵向高车遗民聚集的袁纥、乌频两个部落发动进攻。十一月庚午日，将对方打败。
诏楚王玄行天子礼乐，妃为王后，世子为太子。丁丑，卞范之为禅诏，使临川王宝逼帝书之。宝，晞之曾孙也。庚辰，帝临轩，遣兼太保、领司徒王谧奉玺绶，禅位于楚。壬午，帝出居永安宫。癸未，迁太庆神主于琅邪国，穆章何皇后及琅邪王德文皆徙居司徒府。百官诣姑孰劝进。十二月，庚寅朔，玄筑坛于九井山北，壬辰，即皇帝位。册文多非溥晋室，或谏之，玄曰：“揖让之文，正可陈之于下民耳，岂可欺上帝乎！”大赦，改元永始。以南康之平固县封帝为平固王，降何后为零陵县君，琅邪王德文为石阳县公，武陵王遵为彭泽县候。追尊文温为宣武皇帝，庙号太祖，南康公主为宣皇后，封子昇为豫章王。以会稽内史王愉为尚书仆射，愉子相国左长史绥为中书令。绥，桓氏之甥也。戊戌，玄入建康宫，登御坐，而床忽陷，群下失色。殷仲文曰：“将由圣德深厚，地不能载。”玄大悦。梁王珍之男臣孔朴奉珍之奔寿阳。珍之，晞之曾孙也。
安帝颁布诏令，准许楚王桓玄使用天子的礼仪和音乐，并改称其王妃为王后，改称其嫡长子为太子。丁丑日，散骑常侍卞范之将禅让的诏书起草完成，派临川王司马宝迫使安帝亲自手书。司马宝是司马晞的曾孙。庚辰日，安帝驾临宝殿，命令兼太保、领司徒的王谧将皇帝的玉玺印绶向桓玄进献，正式将皇位禅让给楚王。壬午日，安帝从皇城搬出，迁往永安宫居住。癸未日，迁移东晋的宗室祭庙以及其中所敬的先辈的牌位前往琅邪国，又让穆章何皇后和琅邪王司马德文全都迁往司徒府暂时居住。文武百官则共同前往姑孰劝说桓玄尽早登皇帝位。十二月庚寅朔日，桓玄修建祭坛于九井山北侧。壬辰日，正式即位称帝。他在宣布即位的文告中，有许多对晋朝统治非议和贬低的言辞。有人劝他不要这样做，他却说：“皇帝禅位时的文告，正是要向天下百姓说明这些事情，怎么可以欺骗上天呢。”桓玄下令实行大赦，将年号改为永始。把南康的平固县作为封地封给安帝，将他封为平固王，将穆章何皇后降为零陵县君，将琅邪王司马德文降为石阳县公，将武陵王司马遵降为彭泽县侯。桓玄又将其父桓温章王。将会稽内史王愉任命为尚书仆射，将王愉之子相国左长史王绥任命为中书令。王绥是桓氏的外甥。戊戌日，桓玄来到建康宫中，当他登上御座时，御座突然塌陷，群臣全都大惊失色。殷仲文说：“这也许是由于皇上的恩德过于深重，大地都无法承载。”桓玄十分高兴。东晋梁王司马珍之的属臣孔朴保护司马珍之出逃投奔寿阳。司马珍之是司马晞的曾孙。
戊申，燕王熙尊燕主垂之贵嫔段氏为皇太后。段氏，熙之慈母也。己酉，立苻贵嫔为皇后，大赦。
戊申日，后燕王慕容熙将慕容垂的贵嫔段氏尊封为皇太后。段氏是慕容熙的养母己酉日，又将贵嫔苻训英册立为皇后，并宣布大赦。
辛亥，桓玄迁帝于寻阳。
辛亥日，安帝被桓玄迁到寻阳。
燕以卫尉悦真为青州刺史，镇新城；光大夫卫驹为并州刺史，镇凡城。
后燕将卫尉悦真任命为青州刺史，在新城镇守；将光禄大夫卫驹任命为并州刺史，在凡城镇守。
癸丑，纳桓温神主于太庙。桓玄临听讼观阅囚徒，罪无轻重，多得原放；有干舆乞者，时或恤之。其好行小惠如此。
癸丑日，桓玄在太庙安置父亲桓温的牌位。桓玄亲自前往华林园的听讼观对囚犯进行审问，不论罪行轻重，大多数都被原谅并释放。有行乞的人在道路上将他的车驾拦住求告，也经常能够得到他的帮助。他喜欢利用小恩小惠对人心加以收买，只是这样而已。
是岁，魏主珪始命有司制冠服，以品秩为差。然法度草创，多不稽古。
这一年，北魏国主拓跋珪开始下令让相关部门为官员制作服装，以官员官阶品位的高低次序为依据而有所区别。但是，法律规章等的拟定都很匆忙，并且多数都没有因循古代。
安皇帝戊元兴三年（甲辰，公元四零四年）
安皇帝戊元兴三年（甲辰，公元四零四年）
春，正月，桓玄立其妻刘氏为皇后。刘氏，乔之曾孙也。玄以其祖彝以上名位不显，不复追尊立庙。散骑常侍徐广曰：“敬其父则子悦，请依故事立七庙。”玄曰：“礼，太祖东向，左昭右穆。晋立七庙，宣帝不得正东向之位，何足法也！”秘书监卞承之谓广曰：“若宗庙之祭果不及祖，有以知楚德之不长矣。”广，邈之弟也。
正值春季正月，桓玄决定册立妻子刘氏为皇后，她是刘乔的曾孙女。由于桓玄的祖辈中没有显赫的名望和地位，因此他放弃了对他们的庙号、谥号的追加。散骑常侍徐广建议说：“对他的父亲表示尊敬，自然会让儿子感到高兴。请陛下遵循之前的惯例，建立七代宗庙。”桓玄回应道：“根据礼仪规定，太祖的祭庙应面向东方，左侧三庙面向南称为昭，右侧三庙面向北称为穆。然而，晋朝建立了七庙，由于以高祖为庙号，因此无法朝向东方，有何解决之道呢？”秘书监卞承之对徐广表示：“如果宗庙祭祀无法达到祖先，那么楚国的长久好运也将成为不可能的事情。”徐广是徐邈之弟。
玄自即位，心常不自安。二月，己丑朔，夜，涛水入石头，流杀人甚多，欢哗震天。玄闻之，惧，曰：“奴辈作矣！”
桓玄自即位为帝位以来，心中时常感到不安。二月己丑朔日，深夜，长江的波涛卷入石头城中，非常多的人被激流淹死卷走，喊声震动天地。桓玄得知后非常恐惧，说：“这些奴才们就要造反了。”
玄性苛细，好自矜伐。主者奏事，或一字不体，或片辞之谬，必加纠擿，以示聪明。尚书答诏误书“春蒐为“春菟”，自左丞王纳之以下，凡所关署，皆被降黜。或手注直官，或自用令史，诏令纷纭，有司奉答不暇，而纪纲不治，奏案停积，不能知也。又性好游畋，或一日数出。迁居东宫，更缮宫室，土木并兴，督迫严促，朝野骚然，思乱者众。
桓玄性情苛刻琐细，热衷于展现自己的才华。主要官员在奏章中若有一个字写得不够得体，或者出现一句话、一个词使用不当，他必定会亲自纠正，以凸显自己的博学智慧。尚书回答诏书时，由于一次将“春蒐”误写成“春菟”，从尚书左丞王纳之至下属所有经手签字的人，都遭到了降级甚至免官的处分。桓玄有时还亲自选定官员到宫中值日，或亲自对一些小官吏做一些具体的事情加以指派，因此下达了繁多混乱的诏书令旨，相关部门在办理时根本就没有足够的时间，因而朝中政令纲领得不到治理，异常混乱，公文由于没有时间处理而大量积压，他却完全不可能了解。桓玄又生来喜欢游玩射猎，有时竟然在一天以内出去多次。后来他又暂时迁到东宫居住，对皇宫的殿室更新修葺，大兴土木，又督促严厉，规定了很紧的时间，所以从朝中的官员到市井的百姓，全都骚动不安。此时，企图反叛的人非常多。
玄遣使加益州刺史毛璩散骑常侍、左将军。璩执留玄使，不受其命。璩，宝之孙也。玄以桓希为梁州刺史，分命诸将戍三巴以备之。璩传檄远近，列玄罪状，遣巴东太守柳约之、建平太守罗述、征虏司马甄季之击破希等，仍帅众进屯白帝。
桓玄派使节将益州刺史毛璩加授为散骑常侍、左将军。毛璩把桓玄的使节拘留，拒绝他的任命。毛璩是毛宝之孙。桓玄将桓希任命为梁州刺史，命令几位大将分别在三巴驻守，以防备毛璩。毛璩将檄文散布到各处，列举出桓玄的罪行，并且命令巴东太守柳约之、建平太守罗述和征虏司马甄季之将桓希等人的防守攻破，他自己也率领部众进发到白帝城屯兵驻守。
刘裕从徐、兗二州刺史，安成王桓修入朝。玄谓王谧曰：“裕风骨不常，盖人杰也。”每游集，必引接殷勤，赠赐甚厚。玄后刘氏，有智鉴，谓玄曰：“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐终不为人下，不如早除之。”玄曰：“我方平荡中原，非裕莫可用者；俟关、河平定，然后别议之耳。”
刘裕随从徐兖二州刺史、安成王桓脩到京中晋见桓玄。桓玄对王谧说：“刘裕这个人有着不同常人的风度身材，是在世人之上的豪杰。”每当出游和集会时，他对待刘裕必然格外亲切，并给刘裕赠送和赏赐厚重的礼品。桓玄的皇后刘氏，有一定的智慧和见识，她对桓玄说：“刘裕走路的姿势就像猛虎和蛟龙。连眼神都很不一般，恐怕他最终不会在别人的手下做事，我看不如趁早除掉他。”桓玄说：“我要将中原地区扫荡平定，除了刘裕就没有人可以胜任。等到平定了关、河一带，再另外讨论这件事吧！”
玄以桓弘为青州刺史，镇广陵；刁逵为豫州刺史，镇历阳。弘，修之弟；逵，彝之子也。
桓玄将桓弘任命为青州刺史，在广陵镇守；将刁逵任命为豫州刺史，在历阳镇守。桓弘是桓脩的弟弟，刁逵是刁彝的儿子。
刘裕与何无忌同舟还京口，密谋兴复晋室。刘迈弟毅家于京口，亦与无忌谋讨玄。无忌曰：“桓氏强盛，其可图乎？”毅曰：“天下自有强弱，苟为失道，虽强易弱，正患事主难得耳。”无忌曰：“天下草泽之中非无英雄也。”毅曰：“所见唯有刘下邳。”无忌笑而不答，还以告裕，遂与毅定谋。
刘裕与何无忌乘坐同一艘船返回京口，共同秘密谋划使晋朝皇家重新恢复振兴之事。谘议参军刘迈之弟刘毅的家在京口，也同何无忌商量征讨桓玄。何无忌说：“现在正是桓氏家族的强盛时期，怎么能够图谋他们呢！”刘毅说：“天下的事情，自然是有强大的也有弱小的，然而，如果行为与天道人情不符，那么，即使是强大的一方，变得弱小也很容易，真正值得担心的却只是不易得到一个英明称职的君主而已。”何无忌说：“天下草莽河泽之中，也并非没有英雄。”刘毅说：“我所知的，只有刘裕一人。”何无忌仅仅微笑，却不回答，返回之后，对刘裕说出刘毅的态度，于是他们就和刘毅一同制定了计划。
初，太原王元德及弟仲德为苻氏起兵攻燕主垂，不克，来奔，朝廷以元德为弘农太守。仲德见桓玄称帝，谓人曰：“自古革命诚非一族，然今之起者恐不足以成大事。”
起初，太原人王元德与其弟王仲德对前秦国苻氏政权的号召加以响应，组织军队攻打后燕王慕容垂，未能取胜，就前往东晋投奔。东晋朝廷将王元德任命为弘农太守。王仲德见桓玄将东晋政权篡夺，成为皇帝，便对人说：“从古至今，由于受天命而改朝换代的人，当然并非只有一个，然而，如今这个起来当皇帝的却恐怕并非有能力成就大业。”
平昌孟昶为青州主簿，桓弘使昶至建康，玄见而悦之，谓刘迈曰：“素士中得一尚书郎，卿与其州里，宁相识否？”迈素与昶不善，对曰：“臣在京口，不闻昶有异能，唯闻父子纷纷更相赠诗耳。”玄笑而止，。昶闻而恨之，既还京口，裕谓昶曰：“草间当有英雄起，卿颇闻乎？”昶曰：“今日英雄有谁，正当是卿耳！”
平昌人孟昶的官职是青州主簿，桓弘派孟昶前往建康出使，桓玄接见了他，并十分赞赏他，对刘迈说：“我在普通百姓中找到了一个尚书郎，你和他是同乡，难道不与他相识？”刘迈与孟昶的关系素来并不融洽，于是回答说：“我在京口时，并未听说孟昶有什么特殊的才能，只是听说他们父子之间多次互相赠诗唱和而已。”桓玄大笑，于是将提升孟昶的念头打消。孟昶知道此事后，心中怨恨刘迈。等他返回京口后，刘裕对孟昶说：“草野平民之中应该出现英雄豪杰了，你听到什么消息没有？”孟昶说：“现在的英雄还能有什么人呢？正应当是您啊！”
于是裕、毅、无忌、元德、仲德、昶及裕弟道规、任城魏咏之、高平檀凭之、琅邪诸葛长民、河内太守随西辛扈兴、振威将军东莞童厚之，相与合谋起兵。道规为桓弘中兵参军，裕使毅就道规及昶于江北，共杀弘，据广陵；长民为刁逵参军，使长民杀逵，据历阳；元德、扈兴、厚之在建康，使之聚众攻玄为内应；刻期齐发。
于是，刘裕、刘毅、何无忌、王元德、王仲德、孟昶以及刘裕之弟刘道规、任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅邪人诸葛长民、河内太守陇西人辛扈兴、振威将军东莞人童厚之这些人，彼此联合，谋划发兵征讨桓玄。刘道规此时正在青州刺史桓弘属下担任中兵参军，刘裕命令刘毅前往长江的北面会合刘道规及孟昶，一起将桓弘杀掉，占领广陵。诸葛长民这时正担任刁逵的参军，刘裕又让他将刁逵杀掉，占领历阳。王元德、辛扈兴和童厚之这时正在建康，刘裕便让他们将部众聚集起来直接攻打桓玄，充当内应。约定时间，同时发动政变。
孟昶妻周氏富于财，昶谓之曰：“刘迈毁我于桓公，使我一生沧陷，我决当作贼。卿幸早离绝，脱得富贵，相迎不晚也。”周我曰：“君父母在堂，欲建非常之谋，岂妇人所能谏！事之不成，当于奚官中奉养大家，义无归志也。”昶怅然久之而起。周氏追昶坐，曰：“观君举措，非谋及妇人者，不过欲得财物耳。”因指怀中儿示之曰：“此儿可卖，亦当不惜。”遂倾赀以给之。昶弟顗妻，周氏之从妹也，周氏绐之曰：“昨夜梦殊不祥，门内绛色物宜悉取以为厌胜。”妹信而与之，遂尽缝以为军士袍。
孟昶的妻子周氏十分富有，孟昶对她说：“刘迈将我在桓玄那里的出路毁掉了，让我这一辈子沉沦落寞，所以，我决心成为一个叛贼。你应当尽早断绝与我之间的关系，今后，如果我侥幸得到富贵，再去把你迎接回来也不晚。”周氏说：“你的父母，此时还都健在，但你仍然决定采取不同寻常的行动，这怎么是我身为一个妇人有能力劝阻的呢？你的计划要是失败了，我就算沦落为奴婢，也应当服侍公婆，根据大义来说，我是并不想回去的。”孟昶怅然若失，呆坐许久，起身到外面去，周氏追回他并让他坐下，说：“我观察你的举动和行为，并不是来与我这个妇道人家商议的，你只是想得到一些钱财而已。”因此，指着怀抱中的儿子对孟昶说：“如果能将这孩子卖掉，我也一点都不感到可惜。”于是，她把自己全部的财产都送给孟昶。孟昶弟弟的妻子是周氏的堂妹。周氏骗她说：“我昨天晚上做了一个十分不吉利的梦，你应该拿出你家里所有的红色布匹给我，我好用它来对魔道诅咒禳镇。”她的堂妹对她的话完全相信，于是拿出家中所有的红布并交给她，她立刻把这些布全都缝制成了战袍和军衣。
何无忌夜于屏风里草檄文，其母，刘牢之姊也，登榆密窥之，泣曰：“吾不及东海吕母明矣。汝能如此，吾复何恨！”问所与同谋者，曰：“刘裕。”母尤喜，因为言玄必败，举事必成之理以劝之。
何无忌夜里在屏风后面草拟檄文，他的母亲是刘牢之的姐姐，蹬在凳子上偷看他在做什么。她边哭边说：“我在明白事理这方面当然比不上东海吕母，但是你既然能如此，我还遗憾什么呢？”然后问他，与他一起策划的人是谁，何无忌对她说：“刘裕。”他的母亲越发高兴，于是又说了一些桓玄一定会失败、发动事变必然能成功的道理来鼓励他。
乙卯，裕托以游猎，与无忌收合徒众，得百馀人。丙辰，诘旦，京口城开，无忌著传诏服，称敕使，居前，徒众随之齐入，即斩桓修以徇。修司马刁弘帅文武佐吏来赴，裕登城谓之曰：“郭江州已奉乘舆返正于寻阳，我等并被密诏，诛除逆党，今日贼玄之首已当枭枭于大航矣。诸君非大晋之臣乎？今来欲何为？”弘等信之，收众而退。
乙卯日，刘裕以出外打猎为借口，与何无忌前往京口城外将同谋的军队召集起来，共有一百多人。丙辰日，清晨，京口城门刚刚打开，何无忌便身穿传达圣旨的使者服饰，以皇帝的信使自称，当先来到城中，他手下的人也都跟随他一同进入，立即将桓脩杀死。桓脩的司马刁弘带领文武官员及其助手等人得到消息后，即刻赶到这里。刘裕来到城墙上，对他们说：“江州刺史郭昶之已经在寻阳拥戴皇上将正统皇位恢复了，我们这些人也全都接到了皇上秘密下达的诏书，将叛党诛杀铲除。现在，强盗桓玄的首级或许已经被挂在大航桥上示众了。各位莫非不是大晋朝的臣子吗？此时你们来到这里来打算做什么？”刁弘等人对他的话很相信，带着手下人回去了。
裕问无忌曰：“今急须一府主簿，何由得之？”无忌曰：“无过刘道民。”道民者，东莞刘穆之也。裕曰：“吾亦识之。”即驰信召焉。时穆之闻京口欢噪声，晨起，出陌头，属与信会。穆之直视不言者久之，既而返室，坏布裳为袴，往见裕。裕曰：“始举大义，方造艰难，须一军吏甚急，卿谓谁堪其选？”穆之曰：“贵府始建，军吏实须其才，仓猝之际，略当无见逾者。”裕笑曰：“卿能自屈，吾事济矣。”即于坐署主簿。
刘裕向何无忌询问说：“如今急需有一个人担任主簿，你看这个人选如何才能得到呢？”何无忌说：“没有人比刘道民更合适了。”刘道民就是东莞人刘穆之。刘裕说：“这个人我也认识。”于是立即派信使骑快马将他召请来这里任职。此时刘穆之听到京口方向有嘈杂的人声，于是一大早就起来，来到路旁探听张望，正好遇到前来找他的信使。刘穆之看过了信，两眼向前方直视，不说一句话，这样呆立了许久，才转身返回家中，撕破了一件布衣服，改成套裤，跟随信使一起去见刘裕。刘裕说：“我们的大旗刚刚举起，发动这场与道义相符的事变，所有的事情都是从头开始，困难很多，极其迫切地需要一个有能力负责军队中文书的人才，你说最适合这项工作的是谁？”刘穆之说：“您刚刚建立了军府，所用的文官一定要有真才实学才行，在这样紧张仓促的形势下，恐怕找不到比我还强的人选了。”刘裕边笑边说：“你能屈尊亲自担任这个职务，那么，我们的事一定可以成功。”就立即将刘穆之任命为主簿。
孟昶劝桓弘其日出猎，天未明，开门出猎人；昶与刘毅、刘道规帅壮士数十人直入，弘方啖粥，即斩之。因收众济江。裕使毅诛刁弘。
身在广陵的孟昶有一天劝青州刺史桓弘外出围猎，在天还未亮之时，便将州府的大门打开，把猎人们放了出去。孟昶同刘毅、刘道规率领几十名精壮士兵乘机直接闯入州府，看见桓弘正在吃粥，便立即杀了他，于是把部众召集起来渡过长江。刘裕又派刘毅将刁弘杀了。
先是，裕遣同谋周安穆入建康报刘迈，迈虽酬许，意甚惶惧。安穆虑事泄，乃驰归。玄以为迈为竟陵太守，迈欲亟之郡。是夜，玄与迈书曰：“北府人情云何？卿近见刘裕何所道？”迈谓玄已知其谋，晨起，白之。玄大惊，封迈为重安侯。既而嫌迈不执安穆，使得逃去，乃杀之，悉诛元德、扈兴、厚之等。
在这以前，刘裕派同党周安穆前往建康向刘迈报告，刘迈虽然敷衍同意一起反叛，但是心中却十分害怕。周安穆看到这样的情况，害怕事情败露，便飞马跑了回去。桓玄将刘迈任命为竟陵太守，刘迈希望尽快上任。当天晚上，桓玄给刘迈写信说：“北府那边人们的情况如何？你最近与刘裕相见，都说过什么？”刘迈认为桓玄已经掌握了他们的计划，早晨起来，就向桓玄禀报了刘裕等人准备谋反的事。桓玄听后，惊慌失色，马上将刘迈册封为重安侯。后来又对刘迈没有抓住周安穆，让他逃掉一事怀恨在心，于是杀掉了刘迈。然后他又杀死了王元德、辛扈兴和童厚之等人。
众推刘裕为盟，总督徐州事，以孟昶为长史，守京口，檀凭之为司马。彭城人应募者，裕悉使郡主簿刘钟统之。丁巳，裕帅二州之众千七百人，军于竹里，移檄远近，声言益州刺史毛璩已定荆楚，江州刺史郭昶之奉迎主上返正于寻阳，镇北参军王元德等并帅部曲保据石头，扬武将军诸葛长尼已据历阳。
大家将刘裕推举为讨伐桓玄的首领，总领督管徐州的各项事务。刘裕又将孟昶任命为长史，在京口镇守，将檀凭之任命为司马。彭城有应征的人，刘裕把他们全都交由郡主簿刘钟统领。丁巳日，刘裕率领这两个州共一千七百余部众前往竹里驻扎，并向各地发布出师的通知命令，声称益州刺史毛璩已经将荆楚一带平定，江州刺史郭昶之已经在寻阳重新拥戴皇帝复位，镇北参军王元德等人共同统帅部下在石头据守，扬武将军诸葛长民已经将历阳占据。
玄移还上宫，召侍官皆入止省中；加扬州刺史新安王桓谦征讨都督，以殷仲文代桓修为徐、兗二州刺史。谦等请亟遣兵击裕，玄曰：“彼兵锐甚，计出万死，若有蹉跌，则彼气成而吾事去矣；不如屯大众于覆舟山以待之。彼空行二百里，无所得，锐气已挫，忽见大军，必惊愕；我按兵坚阵，勿与交锋，彼求战不得，自然散走，此策之上也。”谦等固请击之，乃遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷相继北上。玄忧惧特甚。或曰：“裕等乌合微弱，势必无成，陛下何虑之深！”玄曰：“刘裕足为一世之雄，刘毅家无担石之储，樗蒲一掷百万，何无忌酷似其舅；共举大事，何谓无成！”
桓玄从东宫返回皇宫，将所有侍从官员都召入官衙居住，将扬州刺史新野王桓谦任命为征讨都督，派殷仲文接替桓脩担任徐、兖两州刺史。桓谦等人请求即刻发兵攻打刘裕。桓玄说：“他的军队此时士气过于锋锐，因为他们已经知道这个做法九死一生。在这种情况下，如果我们迎战出现什么差错受到挫折，那么，他们的士气就必然会高涨，而我的大业便即将失败。因此，我们不如在覆舟山屯聚大批人马等待他们。他的军队徒劳地跑了二百里路，没有得到任何胜利，锐气自然已经被挫伤，又忽然见到我们的大队人马，必然会十分惊骇。那时，我们只要按兵不动，在自己的阵营中固守，不与他们交战，他们想要与我们交战又找不到下手之处，自然便会溃散奔逃。这才是策略中上等的。”桓谦等人多次坚持请求派兵迎击刘裕，桓玄这才命令顿丘太守吴甫之和右卫将军皇甫敷率领军队相继往北方进发。桓玄心里十分担忧和恐惧。有人说：“刘裕等人是一群乌合之众，力量弱小，看起来一定不会有什么成就，陛下为什么要深深地感到忧虑呢？”桓玄说：“刘裕有足够成为一世英雄的能力。刘毅家里穷得并无一石粮食的积蓄，但樗蒲赌博时一次押下的赌注就有百万。何无忌又与他的舅舅刘牢之非常像。这些人共同创立大业，怎么能说不会成功呢！”
南凉王傉檀畏秦之强，乃去年号，罢尚书丞郎官，遣参军关尚使于秦。秦王兴曰：“车骑献款称籓，而擅兴兵造大城，岂为臣之道乎？”尚曰：“王公设险以守其国，先王之制也。车骑僻在遐籓，密迩勍寇，盖为国家重门之防，不图陛下忽以为嫌。”兴善之。傉檀求领凉州，兴不许。
南凉王秃发傉檀对后秦的强大十分畏惧，因此，将自己的年号免去，将原来设立的尚书丞郎等官职废除，派关尚前往后秦国出使。后秦王姚兴说：“车骑将军既然到这里将供奉献上，以藩属自称，那么，他又自作主张动用军队修建庞大的城池，这怎么能与做臣子的道理相符呢？”关尚说：“以一国王公的身份设置险要，从而守卫自己的封国，这个制度是前代君王早就确定了的。我们车骑将军在偏僻遥远的封地居住，与强大的贼寇紧紧相邻，主要是考虑到要加强国家边防，想不到陛下会忽然对这件事产生怀疑。”姚兴认为他回答得很好。秃发傉檀提出统辖凉州的请求，姚兴没有批准。
初，袁真杀硃宪，宪弟绰逃奔桓温。温克寿阳，绰辄发真棺，戮其尸。温怒，将杀之，桓冲请而免之。绰事冲如父，冲薨，绰呕血而卒。刘裕克京口，以绰子龄石为建武参军。三月，戊午朔，裕军与吴甫之遇于江乘。将战，龄石言于裕曰：“龄石世受桓氏厚恩，不欲以兵刃相向，乞在军后。”裕义而许之。甫之，玄骁将也，其兵甚锐。裕手执长刀，大呼以冲之，众皆披靡，即斩甫之，进至罗落桥。皇甫敷帅数千人逆战，宁远将军檀赁之败死。裕进战弥厉，敷围之数重，裕倚大树挺战。敷曰：“汝欲作何死！”拔戟将刺之，裕瞋目叱之，敷辟易。裕党俄至，射敷中额而踣，裕援刀直进。敷曰：“君有天命，以子孙为托。”裕斩之，厚抚其孤。裕以檀凭之所领兵配参军檀祗。祗，凭之之从子也。
起初，袁真将朱宪杀掉，朱宪的弟弟朱绰出逃并投奔桓温。桓温将寿阳攻克，朱绰曾将袁真的棺材挖出，对着袁真的尸体砍杀。桓温非常生气，打算杀了他，桓冲出面求情才把他放了。朱绰从此像对待自己的生父一样对待桓冲，后来桓冲去世，朱绰过于伤心，吐血后死去。刘裕攻破京口，将朱绰之子朱龄石任命为建武参军。三月戊午朔日，刘裕的军队与吴甫之的军队遭遇于江乘。双方正准备开战，朱龄石向刘裕进言说：“龄石家几代人都受到桓氏的厚恩大德，不希望与他们以兵器相对，因此，请求您同意我跟在大队人马的后面。”刘裕认为他的要求与道义相符，因此便同意了。吴甫之在桓玄手下是一员勇将，他率领的军队非常精锐。刘裕手握长把大刀，大声呼叫着向敌军冲击，敌军士卒纷纷退避，于是便将吴甫之斩杀，追赶到罗落桥。皇甫敷统领数千人迎战刘裕，宁远将军檀凭之在交战中死去。刘裕反而越战越勇，皇甫敷派兵包围了刘裕，刘裕依然以一棵大树为依托继续奋战。皇甫敷说：“你准备怎么死？”将长戟拔出准备刺他，刘裕圆睁双目对皇甫敷大加痛斥。皇甫敷退后，不敢上前。此时，刘裕的部下很快赶来，用箭将皇甫敷的额头射中，使其从马上跌落。刘裕提刀径直来到他前面。皇甫敷说：“你承接上天的福命，我想把我的后代托付给你。”刘裕将他斩杀，又对他的后代厚加安抚。刘裕把由檀凭之统率的军队分配给参军檀祗。檀祗是檀凭之的侄子。
玄闻二将死，大惧，召诸道术人推算及为厌胜。问群臣曰：“朕其败乎？”吏部郎曹靖之对曰：“民怨神怒，臣实惧焉。”玄曰：“民或可怨，神何为怒？”对曰：“晋氏宗庙，飘泊江滨，大楚之祭，上不及祖，此其所以怒也。”玄曰：“卿何不谏？”对曰：“辇上君子皆以为尧、舜之世，臣何敢言！”玄默然。使桓谦及游击将军何澹之屯东陵，侍中、后将军卞范之屯覆舟山西，众合二万。
桓玄得知两员大将战死，十分惊惧，将各种巫师术士召来推算吉凶祸福，同时希望能用法术把刘裕的军队击退。他向群臣询问说：“朕难道真的会被打败吗？”吏部郎曹靖之答道：“百姓怨恨，上天发怒，臣下我真的很害怕。”桓玄说：“百姓或许有所不满，只是上天的神灵为何又发怒呢？”曹靖之回答说：“晋朝司马氏的宗庙，经历了许多坎坷，漂泊于江滨一带；而大楚的宗室祭庙，最高的并无祖父。这就是为什么上天要发怒。”桓玄说：“你为何不及早告诉我？”曹靖之答道：“朝廷高官们都把现在当成尧、舜重生一样的清明盛世，臣下怎么还敢进言！”桓玄无言相对。他派桓谦与游击将军何澹之在东陵驻扎，又派侍中、后将军卞范之在覆舟山的西面驻军，他们的部下一共有两万人。
己未，裕军食毕，悉弃其馀粮，进至覆舟山东，使羸弱登山，张旗帜为疑兵，数道并前，布满山谷。玄侦候者还，云“裕军四塞，不知多少。”玄益忧恐，遣武卫将军庾赜之帅精卒副援诸军。谦等士卒多北府人，素畏伏裕，莫有斗志。裕与刘毅等分为数队，进突谦陈；裕以身先之，将士皆殊死战，无不一当百，呼声动天地。时东北风急，因纵火焚之，烟炎慓天，鼓噪之音震动京邑，谦等诸军大溃。
己未日，刘裕的军队吃完饭，扔掉了剩下的全部粮食，行进到覆舟山东面的地区，他派遣身体较弱的士兵爬上山，挥舞旗帜，模拟出疑兵的效果，并同时分成几路前进，使得山谷中充斥着密密麻麻的旌旗。桓玄派遣的探子返程报告：“刘裕的军队满山遍野，已经占领各处，人数难以计数。”桓玄更加焦虑和惶恐，急派武卫将军庾赜之率领精锐军队赶赴各个战线增援。桓谦统领的军队大多是北府部队的老兵，一直对刘裕怀有极大的敬畏和钦佩，因此一时之间毫无斗志可言。刘裕、刘毅等将领分兵多路，齐心协力攻击桓谦的军阵。刘裕冲锋在前，手下的战士奋勇争先，个个英勇无畏，呐喊声震耳欲聋。突然间，一阵东北风吹来，刘裕趁机纵火焚烧敌军，烈火和滚滚浓烟直冲云霄，刀兵声、号角声震慑京邑，桓谦等军队彻底溃败。
玄时虽遣军拒裕，而走意已决，潜使领军将军殷仲文具舟于石头；闻谦等败，帅亲信数千人，声言赴战，遂将其子昇，兄子浚出南掖门。遇前相国参军胡籓，执马鞚谏曰：“今羽林射手犹有八百，皆是义战，西人受累世之恩，不驱令一战，一旦舍此，欲安之乎！”玄不对，但举策指天，因鞭马而走，西趋石头，与仲文等浮江南走。经日不食，左右进粗饭，玄咽不能下，昇抱其胸而抚之，玄悲不自胜。
虽然桓玄派遣军队迎战刘裕，但他早已确定了逃亡的计划。秘密指令领军将军殷仲文在石头准备好船只。得知桓谦等军队已遭惨败的消息后，桓玄率领亲信部下数千人，以前去支援战场的名义，携带儿子桓昇和侄子桓浚，通过南掖门逃离。途中，他与前相国参军胡藩相遇，胡藩抓住马勒口劝阻说：“如今羽林禁卫军还有八百名射手，都是忠心耿耿的老部下。西部人受到桓家几代人的大恩，不愿意被遗弃，你突然离去，他们何去何从？”桓玄没有回应，只是用马鞭指向天空，然后催马而去，一路向西到达石头，与殷仲文等人乘船沿长江南下。整天桓玄都无法进食，身边的侍从端来粗糙的饭食，桓玄咽不下去，桓昇抱着父亲，为他安抚胸口，桓玄觉得悲不自胜。
裕入建康，王仲德抱元德子方回出候裕，裕于马上抱方回与仲德对哭。追赠元德给事中，以仲德为中军参军。裕止桓谦故营，遣刘钟据东府。庚申，裕屯石头城，立留台百官，焚桓温神主于宣阳门外，造晋新主，纳于太庙。遣诸将追玄，尚书王嘏帅百官奉迎乘舆，诛玄宗族在建康者。裕使臧熹入宫，收图书、器物，封闭府库；有金饰乐器，裕问熹：“卿得无欲此乎？”熹正色曰：“皇上幽逼，播越非所，将军首建大义，劬劳王家，虽复不肖，实无情于乐。”裕笑曰：“聊以戏卿耳。”熹，焘之弟也。
刘裕率领军队抵达建康城，王仲德抱着王元德的小儿子王方回，站在路旁等待刘裕的到来。刘裕在马上抱起王方回与王仲德相对哭泣。他追认王元德为给事中，任命王仲德为中军参军。刘裕选择在桓谦从前的大营中落脚，命令刘钟在东府坚守。庚申日，刘裕前往石头城驻扎，设立留守官衙的文武官员。在宣阳门外焚毁了桓温等人的神像牌位，同时制作了新的晋朝宗室牌位，在太庙中进行供奉。他派遣几位将军追击桓玄，同时派遣尚书王嘏率领众官员前去迎接皇帝车驾，将桓玄宗族中仍然留在建康的人全部诛杀。刘裕命臧熹进入皇宫，检查图书与器物，并关闭查封府衙仓库。其中一些用金银装饰的乐器引起了刘裕的兴趣，他向臧熹问道：“你对这些东西没有兴趣吗？”臧熹严肃地回答：“皇上被逼到幽暗的地方，流亡到他不应该去的地方，将军率先站出来树立大义，为王家事业尽心尽力。我虽然不能像您一样建功立业，但确实没有心情去享乐。”刘裕笑着说：“我只是开个玩笑而已。”臧熹是臧焘的弟弟。
壬戌，玄司徒王谧与众议推裕领扬州，裕固辞，乃以谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事，谧推裕为使持节、都督扬、徐、兗、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、徐州刺史，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。
壬戌日，桓玄的司徒王谧与众人讨论，打算推举刘裕治理扬州，刘裕坚定地推辞。于是将王谧任命为侍中，兼任司徒、扬州刺史、录尚书事，王谧又将刘裕举荐为使持节，都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州各项军务和徐州刺史。将刘毅任命为青州刺史，将何无忌任命为琅邪内史，将孟昶任命为丹杨尹，将刘道规任命为义昌太守。
裕始至建康，诸大处分皆委于刘穆之，仓猝立定，无不允惬。裕遂托以腹心，动止咨焉；穆之亦竭节尽诚，无所遣隐。时晋政宽驰，纲纪不立，豪族陵纵，小民穷蹙，重以司马元显政令违舛。桓玄虽欲厘整，而科条繁密，众莫之从。穆之斟酌时宜，随方矫正；裕以身范物，先以威禁；内外百官皆肃然奉职，不盈旬日，风俗顿改。
刘裕初抵达建康时，将重大事务委托给刘穆之处理，以确保紧迫的公务得以妥善安排，一切井然有序。刘裕将刘穆之视为知己，对他的每一举动都征求意见。刘穆之全力以赴，毫不疏漏和隐瞒。当时，晋朝政令宽松废弛，纲法纪律未能建立，豪门大族傲慢放纵，而普通百姓则深陷贫困之中。加之司马元显多次违反和破坏政令，桓玄虽有整顿之意，但由于规章繁琐，百姓无法适应。刘穆之对时局进行深入研究，根据轻重缓急进行梳理和修正。刘裕作为表率，首先以威严的法令进行管理，使朝廷内外的文武官员都能认真履行职责。不到十天，朝廷的官风和百姓的风俗立即发生了很大变化。
初，诸葛长民至豫州，失期，不得发。刁逵执长民，槛车送桓玄。至当利而玄败，送人共破槛出长民，还趣历阳。逵弃城走，为其下所执，斩于石头，子侄无少长皆死，唯赦其季弟给事中骋。逵故吏匿其弟子雍送洛阳，秦王兴以为太子中庶子。裕以魏咏之为豫州刺史，镇历阳，诸葛长民为宣城内史。
起初，诸葛长民来到豫州，由于耽误了约定的期限，因此不能够发动政变。后来，豫州刺史刁逵俘获了诸葛长民，并将其关押在囚车中，然后送交给桓玄。在途经当利的时候，桓玄的军队已经战败，随行押送的人一同打破囚车，释放了诸葛长民，随后返回历阳。刁逵丢弃城池逃亡，被其部下捉住，押送到石头城处决。刁逵的亲人，包括儿子与侄子等，不论男女老幼都被杀，唯独他的小弟弟给事中刁骋获得了赦免。刁逵从前的部下将他的侄子刁雍藏匿后送到洛阳，后秦王姚兴任命他为太子中庶子。刘裕任命魏咏之为豫州刺史，驻守于历阳，同时将诸葛长民任命为宣城内史。
初，裕名微位薄，轻狡无行，盛流皆不与相知，惟王谧独奇贵之，谓裕曰：“卿当为一代英雄。”裕尝与刁逵樗蒲，不时输直，逵缚之马枊。谧见之，责逵而释之，代之还直。由是裕深憾逵而德谧。
最初，刘裕名声不显赫，官位低微，举止轻浮狡诈，品行不端正，社会上层对他避之不及，唯有王谧一人视其为不同凡响，极力推崇，对刘裕说：“你必将成为一代英雄。”曾在一次樗蒲赌博中，刘裕与刁逵为伍，经常输了却无力偿还。一次刁逵将他捆绑在拴马桩上，被王谧撞见，对刁逵进行了严厉斥责，同时解救了刘裕，并替他还清了赌债。自此以后，刘裕对刁逵怀有深仇，同时对王谧的恩德心存感激。
萧方等曰：夫蛟龙潜伏，鱼虾亵之。是以汉高赦雍齿，魏武免梁鹄，安可以布衣之嫌而成万乘之隙也！今王谧为公，刁逵亡族，醻恩报怨，何其狭哉！
萧方等说：蛟龙在海底潜伏的时候，连鱼虾都能欺辱戏弄它。因此汉高祖将雍齿赦免，魏武帝将梁鹄赦免，怎么能因为当百姓时所结的怨恨，等成为帝王之后还要报仇呢？如今王谧成为公卿，刁逵却全家被斩，这样过分的感恩报仇，心胸是多么狭隘呀！
尚书左仆射王愉及子荆州刺史绥谋袭裕，事泄，族诛，绥弟子慧龙为僧彬所匿，得免。
尚书左仆射王愉及其子荆州刺史王绥图谋攻击刘裕，事情败露，遭到族诛。王绥的侄子王慧龙被僧彬藏了起来，幸免被杀。
魏以中土萧条，诏县户不满百者罢之。
北魏觉得中原地区一片萧条，因此，颁布诏令把住户不足百家的县份取消。
丁卯，刘裕迁镇东府。
丁卯日，刘裕返回东府镇守。
桓玄至寻阳，郭昶之给其器用、兵力。辛未，玄逼帝西上，刘毅帅何无忌、刘道规等诸军追之。玄留龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之守湓口。玄于道自作《起居注》，叙讨刘裕事，自谓经略举无遗策，诸军违节度，以致奔败。专覃思著述，不暇与群下议时事。《起居注》既成，宣示远近。
桓玄逃到寻阳，郭昶之给他提供用品器具，增加兵力。辛未日，桓玄强迫晋安帝一同逃向西方，刘毅率领何无忌、刘道规等几支军队在后面紧紧追赶。桓玄将龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之一起留在湓口镇守。桓玄在路上自己写《起居注》，叙述对刘裕的讨伐，称自己所使用的战略战术毫无失误，只是手下的军队不按照自己的指挥调遣行动，才造成了失败的结果。桓玄把所有的精力都用在记录这些事情之上，根本没时间和手下的官员及众将商议时势，讨论对策。他写完了《起居注》，向身边的许多人公开展示。
丙戌，刘裕称受帝密诏，以武陵王遵承制总百官行事，加侍中、大将军，因大赦，惟桓玄一族不宥。
丙戌日，刘裕称自己收到了安帝的密诏，派武陵王司马遵根据安帝的旨意，总领众官员处理国家政务，加授侍中、大将军等职务。因此，下令宣布大赦，其中，唯独不宽宥桓玄一族。
刘敬宣、高雅之结青州大姓及鲜卑豪帅，谋杀南燕主备德，推司马休之为主。备德以刘轨为司空，甚宠信之。雅之欲邀轨同谋，敬宣曰：“刘公衰老，有安齐之志，不可告也。”雅之卒告之，轨不从。谋颇泄，敬宣等南走，南燕人收轨，杀之，追及雅之，又杀之。敬宣、休之至淮、泗间，闻桓玄败，遂来归，刘裕以敬宣为晋陵太守。
刘敬宣和高雅之逃到南燕后，与青州的豪门大族及鲜卑族中部分势力很大的酋长首领结交，阴谋将南燕王慕容备德刺杀，推举司马休之担任首领。慕容备德将刘轨任命为司空，十分宠爱和信任他。高雅之想要邀集刘轨共同商量事变，刘敬宣说：“刘轨已经年老，有在齐地安心老死的打算，千万不可让他知道。”高雅之还是把计划告诉了刘轨，刘轨果然不顺从。他们的这些图谋因此全部败露，刘敬宣等人逃往南方，南燕人于是将刘轨抓住，杀掉了他，又追上并杀了高雅之。刘敬宣、司马休之逃跑来到淮河、泗水之间，得知桓玄已败，于是前往东晋投奔。刘裕将刘敬宣任命为晋陵太守。
南燕主备德闻桓玄败，命北地王钟等将兵欲取江南，会备德有疾而止。
南燕王慕容备德得知桓玄失败，打算派北地王慕容钟等人领兵攻打江南，不巧刚好这时慕容备德生病，于是停止。
夏，四月，己丑，武陵王遵入居东宫，内外毕敬；迁除百官称制书，教称令书。以司马休之监荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事、领荆州刺史。
夏季四月己丑日，东晋武陵王司马遵进入东宫居住，朝廷内外对他都极为恭敬。他把任免文武官员的命令称为制书，把一般的行政通告叫作令书。任命司马休之统领荆、益、粱、宁、秦、雍六州各项军务，兼任荆州刺史。
庚寅，桓玄挟帝至江陵，桓石康纳之。玄更署置百官，以卞范之为尚书仆射。自以奔败之后，恐威令不行，乃更增峻刑罚，众益离怨。殷仲文谏，玄怒曰：“今以诸将失律，天文不利，故还都旧楚；而群小纷纷，妄兴异议！方当纠之以猛，未可施之以宽也。”荆、江诸郡闻玄播越，有上表奔问起居者，玄皆不受，更令所在贺迁新都。
庚寅日，桓玄将安帝带到江陵，桓石康接纳了他们。桓玄再度设置文武百官，将卞范之任命为尚书仆射。他自己意识到逃跑失败之后，担心威望命令得不到贯彻，于是越发加重了严刑和惩罚，部众日益离心离德、怨声不断。殷仲文对他加以劝阻，桓玄十分生气地说：“如今由于这些将领作战缺乏章法，因此天象对我们不利，我不得不回到楚国的旧都。但是这些部下却仍然议论纷纷，随意提出奇怪的言论，我正应当用强硬的手段对他们的不恭进行纠正，决不能对他们宽容。”荆州、江州几个郡得到桓玄西撤的消息，有送上奏表或赶来问安的郡宰，桓玄全都拒绝接受，下令让这些人重来祝贺迁移新都。
初，王谧为玄佐命元臣，玄之受禅，谧手解帝玺绶；乃玄败，众谓谧宜诛，刘裕特保全之。刘毅尝因朝会，问谧玺绶所在。谧内不自安，逃奔曲阿。裕笺白武陵王，迎还复位。
起初，王谧在桓玄开国时是辅佐元勋，桓玄接受禅让登上帝位时，王谧亲自动手将安帝携带玉玺的绶带解开。等到桓玄失败，众人说应当诛杀王谧，刘裕为这件事特别出面保全了他的性命。刘毅曾有一次在朝廷议事时，向王谧询问如今皇帝的玉玺印绶在哪里，王谧内心十分不安，因此逃到曲阿。刘裕给武陵王司马遵上书，请求接回王谧，并恢复了他原来的官位。
桓玄兄子歆引氐帅杨秋寇历阳，魏咏之帅诸葛长民、刘敬宣、刘钟共击破之，斩杨秋于练固。
桓玄的侄子桓歆引来氐人的首领杨秋攻打历阳，魏咏之率诸葛长民、刘敬宣和刘钟等人一起反击，打败了他们，并在练固将杨秋斩杀。
玄使武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭帅数千人就何澹之等共守湓口。何无忌、刘道规至桑落洲，庚戌，澹之等引舟师逆战。澹之常所乘舫羽仪旗帜甚盛，无忌曰：“贼帅必不居此，欲诈我耳，宜亟攻之。”众曰：“澹之不在其中，得之无益。”无忌曰：“今众寡不敌，战无全胜，澹之既不居此舫，战士必弱，我以劲兵攻之，必得之；得之，则彼势沮而我气倍，因而薄之，破贼必矣。”道规曰：“善！”遂往攻而得之，因传呼曰：“已得何澹之矣”。澹之军中惊扰。无忌之众亦以为然，乘胜进攻澹之等，大破之。无忌等克湓口，进据寻阳，遣使奉送宗庙主祏还京师。。加刘裕都督江州诸军事。
桓玄命令式卫将军庾稚祖和江夏太守桓道恭率数千人前往何澹之等人那里，与他们共同据守湓口。何无忌、刘道规到达桑落洲。庚戌日，何澹之等人统率水军迎战，何澹之经常乘坐的船只装饰华美，有很多旗帜。何无忌说：“贼寇的首领必然不会乘坐这条船，只是要欺骗我们而已。我们应该迅速攻击他们。”人们都说：“何澹之不乘坐这条船，把它缴获了没什么用。”何无忌说：“此时敌众我寡，难以抵挡，我们这一战不能保证全胜。既然何澹之不在这条船上，那么此船上就一定没有太强的兵力，我们用强大的兵力向它进攻，一定会将这条船缴获；得到了它，那么就会使敌人的气势受到挫伤，也会使我们士气倍增。如此一来，一定能将这些贼寇消灭。”刘道规说：“说得对！”于是领兵向那条船发起猛攻，并缴获了它，乘势高呼：“已经把何澹之活捉了。”何澹之的军队惊惧纷扰，何无忌的军队中也认为真是这样，于是乘胜大举向何澹之等的军队进攻，大败对方。何无忌等人将湓口攻下，率军进入寻阳据守，派使节将晋室宗庙的祖先牌位和装牌位的石匣一起奉送回京师。朝廷给刘裕加授了都督江州诸军事官职。
桑落之战，胡籓所乘舰为官军所烧，籓全铠入水，潜行三十许步，乃得登岸。时江陵路已绝，乃还豫章。刘裕素闻籓为人忠直，引参领军军事。
桑落之战，胡藩所乘坐的战舰被朝廷的军队烧毁，胡藩身穿全副铠甲落入水中，在水中潜游了大约三十步才得以上岸。这时，与江陵相通的道路已被封锁，于是他返回豫章。刘裕向来听说胡藩是个忠厚直率的人，征召他并让他担任参领军军事。
桓玄收集荆州兵，曾未三旬，有众二万，楼船、器械甚盛。甲寅，玄复帅诸军挟帝东下，以苻宏领梁州刺史，为前锋；又使散骑常侍徐放先行，说刘裕等曰：“若能旋军散甲，当与之更始，各授位任，令不失分。”
桓玄将荆州的兵马收募聚集起来，还不足一个月，便得到两万军队，并且拥有非常整齐的高大战舰、军械武器等配备，军容十分盛大。甲寅日，桓玄又一次率领几支军队挟持安帝前往东方，命令苻宏兼任梁州刺史，充当大军的前锋。又派散骑常侍徐放先前去对刘裕等人劝说道：“如果你们能将大军撤回，解散军队，一定会给你们一个机会改过，为你们分别加授相应的官职，必然不会让你们失望。”
刘裕以诸葛长民都督淮北诸军事，镇山阳；以刘敬宣为江州刺史。
刘裕派诸葛长民统领淮北各项军务，在山阳镇守。让刘敬宣担任江州刺史。
柔然可汗社仑从弟悦代大那谋杀社仑，不克，奔魏。
柔然可汗郁久闾社仑的堂弟郁久闾悦代大那图谋杀害郁久闾社仑失败，前往北魏投奔。
燕王熙于友腾苑起逍遥宫，连房数百，凿曲光海，盛夏，士卒不得休息，曷死者大半。
后燕王慕容熙在龙腾苑中修筑逍遥宫，房屋相连达到几百间，又开凿曲光海，在盛夏季节里，士卒无法得到休息，超过一半人中暑而死。
西凉世子谭卒。
西凉世子李谭辞世。
刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌孟怀玉帅众自寻阳西上，五月，癸酉，与桓玄遇于峥嵘洲。毅等兵不满万人，而玄战士数万，众惮之，欲退还寻阳。道规曰：“不可！彼众我寡，强弱异势，今若畏懦不进，必为所乘，虽至寻阳，岂能自固！玄虽窃名雄豪，内实恇怯；加之已经奔败，众无固心。决机两阵，将雄者克，不在众也。”因麾众先进。毅等从之。玄常漾舸于舫侧以备败走，由是众莫有斗心。毅等乘风纵火，尽锐争先，玄众大溃，烧辎重夜遁。郭铨诣毅降。玄故将刘统、冯稚等聚党四百人袭破寻阳城。毅遣建威将军刘怀隶讨平之。怀肃，怀敬之弟也。
刘毅、何无忌、刘道规与下邳太守平昌人孟怀玉率领军队自寻阳出发向西进发，五月癸酉日，他们在峥嵘洲遇到了桓玄的军队。刘毅等人的军队只有不到一万士卒，而桓玄手下的兵士却达到数万之多，所以大家都十分害怕，准备撤退返回寻阳。刘道规说：“万万不能这样做！敌众我寡，强弱的气势本就十分明显，如果害怕不前，必然会被敌人抓住机会，就算返回寻阳，又怎么能坚固自己的防守呢？桓玄虽然窃取了英雄豪杰之名，但内心其实十分空虚和怯懦，再加上他此时已经败亡奔逃，军队根本就没有决心坚持作战。决定双方胜负的，关键在于将领勇猛无敌方能克敌制胜，不取决于人数的多少。”因此，他先挥师向前，刘毅等人也领兵紧随。桓玄经常在座舰旁备好一艘小快船，以方便在失败时逃跑，于是，众人都没有作战的心思。刘毅等人凭借江风放起了火，投入全部精锐军队作战，每个人都争先恐后，桓玄的军队全面溃败，将自己的辎重物资烧掉，连夜逃走。前将军郭铨在拜见了刘毅后便投降了。桓玄从前的部将刘统、冯稚等人聚集四百名党羽将寻阳城攻下。刘毅派建威将军刘怀肃征讨并平定了他们。刘怀肃是刘怀敬之弟。
玄挟帝单舸西走，留永安何皇后及王皇后于巴陵。殷仲文时在玄舰，求出别船收集散卒，因叛玄，奉二后奔夏口，遂还建康。
桓玄裹胁安帝乘坐一艘小船逃向西方，把永安何皇后和王皇后留在巴陵。殷仲文此时正在桓玄的船上，请求到其他船上将逃散的军卒召集起来，于是，便借机背叛桓玄，侍奉两位皇后投奔夏口，又返回建康。
己卯，玄与帝入江陵。冯该劝使更下战，玄不从，欲奔汉中就桓希，而人情乖沮，号令不行。庚辰，夜中，处分欲发，城内已乱，乃与亲近腹心百馀人乘马出城西走。至城门，左右于暗中斫玄，不中，其徒更相杀害，前后交横。玄仅得至船，左右分散，惟卞范之在侧。
己卯日，桓玄同安帝返回江陵。冯该劝他再东征一次与对方决战，桓玄没有采纳。他打算逃往汉中桓希处投奔，然而此时他已经众叛亲离，人人心中沮丧，发下号令也无人执行。庚辰日，深夜，桓玄做好出发的准备，城中已然大乱，于是不得不和一百多名亲近的心腹，乘马来到城外，逃向西方。刚来到城门，他身边的亲信中有人在暗处砍杀桓玄，并未砍中。于是他的亲信们又互相残杀，尸身遍地。桓玄只是将性命保住逃到船上，身边的众亲信早已四散逃命，在身边追随的只有卞范之。
辛巳，荆州别驾王康产奉帝入南郡府舍，太守王腾之帅文武为侍卫。
辛巳日，荆州别驾王康产恭迎安帝来到南郡府衙的官舍，太守王腾之统率文武官员充任侍卫。
玄将之汉中，屯骑校尉毛修之，璩之弟子也，诱玄入蜀，玄从之。宁州刺史毛璠，璩之弟也，卒于官。璩使其兄孙祐之及参军费恬帅数百人，送璠丧归江陵，壬午，遇玄于枚回洲。祐之、恬迎击玄，矢下如雨，玄嬖人丁仙期、万盖等以身蔽玄，皆死。益州督护汉嘉冯迁抽刀，前欲击玄，玄拔头上玉导与之，曰：“汝何人，敢杀天子！”迁曰：“我杀天子之贼耳！”遂斩之，又斩桓石康、桓浚、庾责之，执桓昇送江陵，斩于市。乘舆返正于江陵，以毛修之为骁骑将军。甲申，大赦，诸以畏逼从逆者一无所问。戊寅，奉神主于太庙。刘毅等传送玄首，枭于大桁。
桓玄打算前往汉中。屯骑校尉毛脩之，是毛璩的侄子。他将桓玄引诱到蜀地，桓玄相信了他的话。宁州刺史毛璠是毛璩之弟，在官任上死去。毛璩派他哥哥的孙子毛祐之与参军费恬率领几百人将毛璠的灵柩护送回江陵。壬午日，他们在枚回洲遇到桓玄。毛祐之、费恬迎击桓玄，发箭如雨，受到桓玄宠爱的弄臣丁仙期与万盖等用自己的身体将桓玄护住，全都中箭而死。益州督护汉嘉人冯迁将佩刀抽出，冲到前面准备将桓玄杀掉，桓玄连忙将头上的玉制头饰拿下来递给冯迁，说：“你是什么人？竟有胆子刺杀天子！”冯迁说：“我杀的只是天子的盗贼罢了！”于是将桓玄杀死，又将桓石康、桓濬、庾赜之杀死，将桓昇生擒并押送到江陵，斩首于街市上。安帝在江陵复位，并将毛脩之任命为骁骑将军。甲申日，下令实行大赦，那些由于对桓玄的威逼感到害怕而参与或跟随桓玄反叛的人，全部不予追究。戊寅日，重新在太庙中供奉司马氏祖先的牌位。刘毅等人又把桓玄的首级送到建康，挂在大桁示众。
毅等既战胜，以为大事已定，不急追蹑，又遇风，船未能进，玄死几一旬，诸军犹未至。时桓谦匿于沮中，扬武将军醒振匿于华容浦，玄故将王稚徽戍巴陵，遣人报振云“桓歆已克京邑，冯稚复克寻阳，刘毅诸军并中路败退。”振大喜，聚党得二百人，袭江陵，桓谦亦聚众应之。闰月，己丑，复陷江陵，杀王康产、王腾之。振见帝于行宫，跃马奋戈，直至阶下，问桓昇所在。闻其已死，瞋目谓帝曰：“臣门户何负国家，而屠灭若是！””琅邪王德文下床谓曰：“此岂我兄弟意邪！”振欲杀帝，谦苦禁之，乃下马，敛容致拜而出。壬辰，振为玄举哀，立丧庭，谥曰武悼皇帝。
刘毅等作战取胜后，觉得大事已经平定，所以，并不急于对分散的敌人予以追击，又不巧忽然刮起西风，船只无法逆水向前，因此，到桓玄已经死去快十天的时候，他们的几支军队仍然没有赶到。这时桓谦在沮中藏身，扬武将军桓振在华容浦藏身。桓玄从前的部将王稚徽在巴陵戍守，派人报信给桓振说：“桓歆已将京邑攻克，冯稚又将寻阳攻克，刘毅等人的几路军队全部在中途溃败退走。”桓振十分高兴，将自己的党羽聚集起来，总数有二百人，攻打江陵，桓谦也将部众聚集起来响应他。闰五月己丑日，再一次将江陵攻陷，杀掉王康产和王腾之。桓振来到行宫见到安帝，跃马挥戈，直至石阶下面，询问桓昇在什么地方。当他得知桓昇已死，向安帝瞪圆了眼睛说：“我们桓家一门有哪里对不起国家，而竟遭到你们这样的屠杀！”琅邪王司马德文来到床座下对他说：“这怎么会是我们兄弟两个人的想法呢？”桓振想要杀安帝，桓谦苦苦地将他劝阻。于是，桓振从马跳下来，板着脸勉强向安帝敬礼后便退到外面。壬辰日，桓振为桓玄举行丧事以示哀悼，设立灵堂，将桓玄追谥为武悼皇帝。
癸巳，谦等帅群臣奉玺绶于帝曰：“主上法尧禅舜，今楚祚不终，百姓之心复归于晋矣。”以琅邪王德文领徐州刺史，振为都督八州诸军事、荆州刺史，谦复为侍中、卫将军，加江、豫二州刺史，帝侍御左右，皆振心腹也。
癸巳日，桓谦等人带领众臣向安帝奉还玉玺印绶，说：“主上效仿尧帝禅让帝位给舜帝的样子，如今楚国的寿命福分很短，百姓们的民心已经重新向晋室归附。”安帝于是让琅邪王司马德文兼任徐州刺史之职，将桓振任命为都督八郡诸军事、荆州刺史，将桓谦侍中、卫将军的旧职恢复，另加授为江、豫二州刺史，安帝的侍卫及左右人等，全都是桓振的心腹。
振少薄行，玄不以子妷齿之。至是，叹曰：“公昔不早用我，遂致此败。若使公在，我为前锋，天下不足定也。今独作此，安归乎？”遂纵意酒色，肆行诛杀。谦劝振引兵下战，己守江陵，振素轻谦，不从其言。
桓振从小就举止轻薄，不具备端正的品行，桓玄不把他当成侄子，对他十分厌恶。到了这时，桓振叹着气说：“你从前不及早地对我加以重用，所以这次才会惨败。如果你仍然在世，我来充当前锋，平定天下实在不在话下。如今，让我一个人在此做这样的官，我将来究竟会有什么样的归宿呢？”于是放纵沉湎于酒色，恣意地杀人。桓谦劝说桓振率领军队向东征战，自己在江陵据守。桓振素来轻视桓谦，因此并不接受他的建议。
刘毅至巴陵，诛王稚徽。何无忌、刘道规进攻桓谦于马头，桓蔚于龙泉，皆破之。蔚，秘之子也。
刘毅的军队来到巴陵，将王稚徽杀掉。何无忌、刘道规在马头进攻桓谦，又在龙泉攻打桓蔚，都将敌军打败。桓蔚是桓秘的儿子。
无忌欲乘胜直趣江陵，道规曰：“兵法屈申有时，不可苟进。诸桓世居西楚，群下皆为竭力；振勇冠三军，难与争锋。且可息兵养锐，徐以计策縻之，不忧不克。”无忌不从。振逆战于灵溪，冯该以兵会之，无忌等大败，死者千馀人。退还寻阳，与刘毅等上笺请罪。刘容以毅节度诸军，免其青州刺史。桓振以桓蔚为雍州刺史，镇襄阳。
准备乘胜一直向江陵行进，刘道规说：“兵法上说，作战时进军收军都应该按时机行事，万万不可随意进退。桓氏家族世代在西楚居住，那些小民都愿意尽可能地效力于他们。桓振又十分勇猛，在军队之中居首，在战场上与他交战，很不容易取胜。我们正可以让兵力暂时休息一下，养精蓄锐，渐渐地使用计谋将他制服，无需担心不能将其战胜。”何无忌却不接受他的劝告。桓振在灵溪迎击何无忌的军队，冯该领兵与其交战，结果何无忌等人的军队被打败，一千多人战死。他们返回寻阳，与刘毅等人共同上书刘裕请罪。刘裕以刘毅是对几支军队协调节度的主帅为由，将他青州刺史的职务免去。桓振将桓蔚任命为雍州刺史，在襄阳镇守。
柳约之、罗述、甄季之闻桓玄死，自白帝进军，至枝江，闻何无忌等败于灵溪，亦引兵退，俄而述、季之皆病，约之诣桓振伪降，欲谋袭振，事泄，振杀之。约之司马时延祖、涪陵太守文处茂收其馀众，保涪陵。
柳约之、罗述和甄季之得知桓玄已死，便率领部众从白帝城行进到枝江，又得知何无忌等人在灵溪被打败，于是也领兵退回了。不久，罗述和甄季之都得了病，柳约之便到桓振处拜见并假装投降，想要寻找机会偷袭桓振，事情败露，被桓振杀掉。柳约之的司马时延祖与涪陵太守文处茂将他剩余的兵力接收，在涪陵据守。
六月，毛璩遣将攻汉中，斩桓希，璩自领梁州。
六月，毛璩派兵攻打汉中，将桓希斩杀，毛璩亲自兼管梁州事务。
秋，七月，戊申，永安皇后何氏崩。
秋季七月戊申日，永安皇后何氏崩逝。
燕苻昭仪有疾，龙城人王荣自言能疗之。昭仪卒，燕王熙立荣于公车门，支解而焚之。
后燕苻昭仪生了病，龙城人王荣称自己能治好她的病。苻昭仪不久就去世了，后燕王慕容熙下令将王荣绑在皇宫公车门外，将他用支解的酷刑处死后又将尸体焚烧。
八月，癸酉，葬穆章皇后于永平陵。
八月癸酉日，东晋追谥永安皇后何氏为穆章皇后，在永平陵将她安葬。
魏置六谒官，准古六卿。
北魏国以古代六卿的模式为依据，设置了六个谒官。
九月，刁骋谋反，伏诛，刁氏遂亡。刁氏素富，奴客纵横，专固山泽，为京口之患。刘裕散其资蓄，令民称力而取之，弥日不尽。时州郡饥弊，民赖之以济。
九月，东晋给事中刁骋图谋反叛，被诛，刁氏家族于是灭亡。刁氏向来很富有，家奴和食客到处横行，将山货和水产全部垄断控制，在京口是一大祸患。刘裕把他家所有的财产积蓄都散发给百姓，让他们尽可能来拿，一整天仍然没有拿完。当时正好地方在闹饥荒，民众凭借这些钱财才渡过难关。
乞伏乾归及杨盛战于竹岭，为盛所败。
后秦归义侯乞伏乾归在竹岭与氐王杨盛交战，被杨盛打败。
西凉公暠立子歆为世子。
西凉公李暠将其子李歆册立为世子。
魏主珪临昭阳殿改补百官，引朝臣文武，亲加铨择，随才授任。列爵四等：王封大郡，公封小郡，侯封大县，伯封小县。其品第一至第四，旧臣有功无爵者追封之，宗室疏远及异姓袭封者降爵有差。又置散官五等，其品第五至第九；文官造士才能秀异、武官堪为将帅者，其品亦比第五至第九；百官有阙，则取于其中以补之。其官名多不用汉、魏之旧，仿上古龙官、鸟官，谓诸曹之使为凫鸭，取其飞之迅疾也；谓候官伺察者为白鹭，取其延颈远望也；馀皆类此。
北魏国王拓跋珪亲临昭阳殿调配、选拔文武官员，把朝中的文武大臣分别召至面前，亲自进行考核筛选，以他们的能力为依据封授官职。列出四等爵位：王爵以一个大郡为封地，公爵以一个小郡为封地，侯爵以一个大县为封地，伯爵以一个小县为封地。他们的品级从一品到四品，从前的部下有功但是无爵位的为他们追封爵位，宗室里血缘关系很疏远的和异姓中承袭爵封的人都按各自不同的级别降低爵位。又设五等散官，从五品到九品。文官士子中的确有异常优秀的才能和可任将帅的武官，也将他们的品位列入五品到九品之中，众官员中如出现空缺，便在这些人中选取一个合适加以递补。这些官名多数不用汉与曹魏时期旧的称呼，而是效仿上古时期称为龙官、鸟官等，将各衙门的信使称为凫鸭，取其飞行迅速敏捷的含意。将探听情报的官员称为白鹭，取其把脖子伸长向远处看的含意。其余的，都和这两种相似。
卢循寇南海，攻番禺。广州刺史濮阳吴隐之拒守百馀日。冬，十月，壬戌，循夜袭城而陷之，烧府舍、民室俱尽，执吴隐之。循自称平南将军，摄广州事。聚烧骨为共冢，葬于洲上，得髑髅三万馀枚。又使徐道覆攻始兴，执始兴相阮腆之。
卢循向东晋南海发动进攻，攻打番禺。广州刺史濮阳人吴隐之守卫坚持了一百多日。冬季十月壬戌日，在夜幕降临的时候，卢循发动袭击，最终攻破了城池。他们焚烧了府衙、民居，使整个城区成为一片焦土，同时生擒了吴隐之。卢循以平南将军自居，掌管广州郡事务，并将烧焦的尸骨收集起来，在小岛上建起一座大坟，共埋葬了三万多具骷髅。随后，他命令徐道覆进攻始兴，成功俘获了始兴相阮腆之。。
刘容领青州刺史。刘敬宣在寻阳，聚粮缮船，未尝无备，故何无忌等虽败退，赖以复振。桓玄兄子亮自称江州刺史，寇豫章，敬宣击破之。
刘裕兼任青州刺史。刘敬宣在寻阳，积蓄军粮，修缮船舶，并非未加防备，因此，何无忌等人兵败返回，得以凭借这些物资再次振作。桓玄的侄子桓亮，以江州刺史自称，攻打豫章，刘敬宣将他打败。
刘毅、何无忌、刘道规复自寻阳西上，至夏口。桓振遣镇东将军冯该守东岸，扬武将军孟山图据鲁山城，辅国将军桓仙客守偃月垒，众合万人，水陆相援。毅攻鲁山城，道规攻偃月垒，无忌遏中流，自辰至午，二城俱溃，生禽山图、仙客，该走石城。
刘毅、何无忌与刘道规再次自寻阳发兵，向西行进，抵达夏口。桓振派镇东将军冯该在长江东岸驻守，派扬武将军孟山图在鲁山城据守，派辅国将军桓仙客在偃月垒镇守，共有一万兵力，并且水军与陆军彼此支援。刘毅攻打鲁山城，刘道规攻打偃月垒，何无忌遏制江中的敌军，整个战斗从早晨一直持续到中午，最终两座城池被成功攻陷，孟山图和桓仙客也被活捉，而冯该则溃败退往石城逃遁。
辛巳，魏大赦，改元天赐。筑西宫。十一月，魏主珪如西宫，命宗室置宗师，八国置大师、小师，州郡亦各置师，以辨宗党，举才行，如魏、晋中正之职。
辛巳日，北魏宣布大赦，将年号改为天赐。修筑西宫。十一月，北魏国主拓跋珪亲临西宫，下令让宗室设立宗师职务，八个贵族部落，按各自的大小设立大师、小师，州郡也各自设置师，用来对宗族亲党的隶属进行区分，将有才能又有德行的贤明人士向上推荐，类似魏、晋时期中正的官职。
燕王熙与苻后游畋，北登白鹿山，东逾青岭，南临沧海而还，士卒为虎狼所杀及冻死者五千馀人。
后燕王慕容熙和苻皇后共同出外围猎，向北来到白鹿山上，向东翻过青岭，向南到达沧海后才返回，士卒中有五千多人被猛虎豺狼咬死或冻死。
十二月，刘毅等进克巴陵。毅号令严整，所过百姓安悦。刘裕复以毅为兗州刺史。桓振以桓放之为益州刺史，屯西陵；文处茂击破之，放之走还江陵。
在十二月，刘毅等率军向西进军，成功攻占了巴陵。刘毅以严明的军令行军，所过之处，百姓安居乐业。刘裕随后重新任命刘毅为兖州刺史，而桓振任命桓放之为益州刺史，并让他在西陵驻守。然而，在与文处茂的战斗中，桓放之被打败，被迫逃回江陵。
高句丽侵燕。
高句丽入侵后燕。
戊辰，魏主珪如豺山宫。
戊辰日，北魏国主拓跋珪抵达豺山宫。
是岁，晋民避乱，襁负之淮北者道路相属。
这一年，东晋的百姓，为了避开战乱，扶老携幼，肩负行李向淮河以北逃亡的人，在道路上连绵不断。