净慈寺，周显德元年钱王ㄈ建，号慧日永明院，迎衢州道潜禅师居之。潜尝欲向王求金铸十八阿罗汉，未白也。王忽夜梦十八巨人随行。翌日，道潜以请，王异而许之，始作罗汉堂。宋建隆初，禅师延寿以佛祖大意，经纶正宗，撰《宗镜录》一百卷，遂作宗镜堂。熙宁中，郡守陈襄延僧宗本居之。岁旱，湖水尽涸。寺西隅甘泉出，有金色鳗鱼游焉，因凿井，寺僧千余人饮之不竭，名曰圆照井。南渡时，毁而复建，僧道容鸠工五岁始成。塑五百阿罗汉，以田字殿贮之。绍兴九年，改赐净慈报恩光化寺额。复毁。孝宗时，一僧募缘修殿，日餍酒肉而返，寺僧问其所募钱几何，曰：“尽饱腹中矣。”募化三年，簿上布施金钱，一一开载明白。一日，大喊街头曰：“吾造殿矣。”复置酒肴，大醉市中，揠喉大呕，撒地皆成黄金，众缘自是毕集，而寺遂落成。僧名济颠。识者曰：“是即永明后身也。”嘉泰间，复毁，再建于嘉定三年。寺故闳大，甲于湖山。翰林程?必记之，有“湿红映地，飞翠侵霄，檐转鸾翎，阶排雁齿。星垂珠网，宝殿洞乎琉璃；日耀璇题，金椽耸乎玳瑁”之语。时宰官建议，以京辅佛寺推次甲乙，尊表五山，为诸刹纲领，而净慈与焉。先是，寺僧艰汲，担水湖滨。绍定四年，僧法薰以锡杖扣殿前地，出泉二派，{秋金}为双井，水得无缺。淳?十年，建千佛阁，理宗书“华严法界正偏知阁”八字赐之。元季，湖寺尽毁，而兹寺独存。明洪武间毁，僧法净重建。正统间复毁，僧宗妙复建。万历二十年，司礼监孙隆重修，铸铁鼎，葺钟楼，构井亭，架掉楔。永乐间，建文帝隐遁于此，寺中有其遗像，状貌魁伟，迥异常人。
净慈寺建于后周显德元年，由吴越王钱俶修建，最初名为慧日永明院，迎接衢州的道潜禅师住在这里。道潜曾打算向吴越王请求铸造十八尊阿罗汉像，但尚未开口。就在这时，吴越王夜里忽然梦见十八位巨人随行，次日，道潜提出了铸造阿罗汉像的请求，吴越王对此感到惊讶并立即答应，并开始修建罗汉堂。至北宋建隆初年，延寿禅师遵循佛祖意旨，整理正宗教义，撰写了一百卷《宗镜录》，于是改慧日永明院为宗镜堂。北宋熙宁年间，郡守陈襄邀请僧人宗本入住此地。某年遭遇大旱，湖水尽数干涸。寺院西角却涌出甘泉，泉中金色鳗鱼游动不息，于是开凿了水井，供一千多名僧人饮用，水源不枯竭，井被命名为圆照井。宋人南渡后，寺院毁坏，后又重建，僧人道容召集工匠，历时五年方才完成。此时，还为五百尊阿罗汉塑像，收藏于田字殿中。绍兴九年，改赐净慈报恩光化寺的匾额。但寺院随后又遭毁坏。宋孝宗时期，有一位僧人四处化缘修建佛殿，每日饱食酒肉后归来，寺中僧人询问其募集了多少财物，他笑答：“都吃进肚子里了。”化缘三年，簿册上记录的布施金钱，均一一详细记载。有一天，这位僧人在街头高呼：“我已经建成佛殿了！”随后，他在市集上购买酒菜，喝得酩酊大醉，用手抠喉而呕，吐出的秽物落地竟化为黄金，至此，募款事宜全部完成，寺庙也随之竣工。这位僧人名叫济颠。知情者说：“这就是永明延寿和尚的转世。”嘉泰年间，寺庙再度毁坏，至嘉定三年又重新修建。寺庙原本规模宏伟，气势甚至超越了湖山。翰林程珌曾撰文记载，其中描述道：“湿润的落花映照着地面，挺拔的绿树直插云霄；高挑外翻的檐角宛如鸾鸟的尾翎，整齐排列的石阶如同飞雁的阵列。各种饰物交织成网，星星点点闪烁如同天上的星星；宝殿因琉璃装饰而显得格外轩敞；椽头光辉灿烂，金椽因雕梁高架而更显高耸。”当时有官员建议，在京都一带的佛寺中评定等级，推崇并表彰禅院中的五山，以此作为天下寺庙的总领，而净慈寺位列其中。此前，寺中的僧人取水极为不便，需要到湖边挑水。绍定四年，僧人法薰用锡杖敲击佛殿前的地面，竟涌出了两个泉眼，于是挖成两口井，从此寺中不再缺水。淳祐十年，寺庙修建千佛阁，宋理宗亲笔题写“华严法界正偏知阁”八字作为赏赐。元朝末年，西湖一带的寺庙几乎全被毁坏，唯独净慈寺保存完好。明洪武年间，净慈寺再次被毁，僧人法净重新修建。正统年间，寺庙又遭毁坏，僧人宗妙再次修复。万历二十年，司礼监太监孙隆重修净慈寺，铸造铁鼎，修葺钟楼，修建遮蔽水井的亭子，架起表宅树坊的木桩。永乐年间，建文帝隐蔽躲藏在这里，寺中有他的遗像，形貌高大魁梧，和普通人明显不同。
袁宏道《莲花洞小记》：
莲花洞之前为居然亭。亭轩豁可望，每一登览，则湖光献碧，须眉形影，如落镜中。六桥杨柳一络，牵风引浪，萧疏可爱。晴雨烟月，风景互异，净慈之绝胜处也。洞石玲珑若生，巧逾雕镂。余常谓吴山南屏一派皆石骨土肤，中空四达，愈搜愈出。近若宋氏园享，皆搜得者。又紫阳宫石，为孙内使搜出者甚多。噫，安得五丁神将，挽钱塘江水，将尘泥洗尽，出其奇奥，当何如哉！
王思任《净慈寺》诗：
净寺何年出，西湖长翠微。佛雄香较细，云饱绿交肥。
岩竹支僧阁，泉花蹴客衣。酒家莲叶上，鸥鹭往来飞。